С 80-х годов XVI века часть вотчин в бывшем Стародубском княжестве постепенно была возвращена законным владельцам. Но «казанское сидение» нанесло серьезный урон князьям Пожарским в служебно-местническом отношении. Их оттеснили старые княжеские роды и новое «боярство», выдвинувшееся в царствование Грозного. Таким образом, Пожарские, бывшие в XIV — начале XVI века одним из знатных родов Рюриковичей, были оттеснены на периферию, что дало повод советским именитым историкам называть их «захудалым родом».

Дмитрий Михайлович Пожарский родился 1 ноября 1578 г. в Казанском крае. Но юность его прошла недалеко от Суздаля в родовом гнезде — селе Мугрееве у реки Лух. Дмитрий стал вторым ребенком в семье, у него были старшая сестра Дарья и младший брат Василий. В 1587 г. скончался отец, Михаил Федорович, и все заботы о семье пришлось взять на себя матери Марии Федоровне, урожденной Беклемишевой.

Старинный дворянский род Беклемишевых вел свою родословную от некоего Гавриила, «мужа честна», выехавшего из Новгорода Великого из Прусского конца на службу в Москву к Василию I. Внук Гавриила Федор за что-то получил прозвище Беклемиш, и его потомков стали именовать Беклемишевыми. Правнук Федора Беклемиша Иван Никитич Беклемишев-Берсень⁶⁴ был очень близок к Ивану III. Так, в 1495 г. в Новгородском походе он имел должность постельничего великого князя. Беклемишев-Берсень был знаменитым дипломатов своего времени, ездил послом в Литву и Крым. Сравнительно небольшой чин — он был думным дворянином — не мешал ему играть важную роль как в международной, так и во внутренней политике Ивана III. Иван Никитич пытался стать советником и у Василия III, но тот вообще стал пренебрегать Боярской думой. Берсень позволил себе вступить в спор в Боярской думе с Василием III по поводу Литовской войны. Великий князь рассвирепел и закричал: «Поди, смерд, прочь, не надобен ми яси!»

Заметим, что таких речей в думе никогда не позволял себе ни Иван III, ни тем более его предшественники. Берсень же попал в опалу, а в 1525 г. был по приказу Василия III обезглавлен на льду Москвы-реки. Однако на его потомство опала не была наложена.

Младший сын Берсеня Федор Никитич выдал в 1571 г. свою дочь Ефросинью за Михаила Федоровича Пожарского. Уже в браке Ефросинья по каким-то причинам сменила свое имя на Марию.

Уже в девять лет Дмитрию Пожарскому довелось подписать деловую бумагу. После смерти мужа Мария Федоровна на помин его души отдала Суздальскому Спас-Евфимиеву монастырю деревню. Жалованная грамота была составлена от имени наследника, и Дмитрий поставил под ней свою подпись.