Наряду с участием в подавлении мятежей, восстаний и бандитизма Дзержинский предпринимал меры по предупреждению возможных антисоветских выступлений в различных районах страны. Его по-прежнему беспокоило положение в Башкирии. 24 марта 1921 г. он сообщил И.А. Апетеру, что два дня назад у него были Зудов и один из членов ВЦИК из Башкирии, которые просили вместо председателя Башкирской ЧК Каширина прислать С.С. Лобова, но Оргбюро ЦК РКП(б) им отказало, поэтому необходимо дать указание И.Д. Каширину не отрываться от областкома, он «несколько партизан и с областкомом мало считается». От них же поступила информация, что весной – летом можно ожидать восстания[894].
29 марта 1921 г. Ф.Э. Дзержинский и В.М. Молотов направили в Стерлитамак областкому РКП(б) и И.Д. Каширину телеграмму, поставив их в известность о том, что, по имеющимся сведениям в ближайшее время можно ожидать восстания в Башкирии. Для своевременного и безболезненного его предупреждения необходимо «установить полнейший контакт в работе всех органов соввласти и (в) особенности строжайшая согласованность действий чека и облпарткомом в духе постановлений десятого партсъезда при полной взаимной информации о полученных директивах ЦК РКП(б) и ВЧК. Только при условии такой дружной работы можно рассчитывать на общий успех дела».
Несмотря на усиленное внимание к периферии, Дзержинский принял меры к недопущению восстания в Петрограде, пойдя на крайние меры. После получения сведений о готовящемся восстании он 26 июля 1921 г. отдал распоряжение Менжинскому «произвести массовые аресты и главнейших арестованных вывезти из Питера. Надо, кроме того, усиленно проверить состояние гарнизона… Считаю, что надо дать директиву быстрее вести следствие о заговорах в приграничных местностях и перестрелять заговорщиков».
В середине 1921 г. успешно прошел процесс разоружения незаконных вооруженных формирований в Крыму, где органы советской власти шли на переговоры с бандитами. 3 июля в г. Алупке представитель Полномочной комиссии ВЦИК по делам Крыма Ибрагимов, секретарь Крымобласткома Акулов, начполитуправления летучего отряда Папондопуло и предревкома Алупки Селивестров подписали следующий договор с командиром «зеленых» Мамуладзе, командиром конных «зеленых» Алешиным и другими: «Все отряды зеленых прекращают всякую работу против советской власти, причем зеленые, желающие вернуться к мирному труду, получают от советской власти полную возможность работать, а те из них, кои пожелают состоять на военной службе, могут вступить к Мамуладзе, отряд которого вольется в ряды Красной армии». Настоящий договор вслед за другими был подписан руководителями «зеленых»: Мустафой Курбы, Гмазарем и Спассом.