Будучи представлен новому государю, князь Семен имел неосторожность сослаться на то, что «письмо» свое он написал не сам собой, а «то все делал, исполняя повеленье блаженные памяти отца его государева» Михаила Федоровича. Слова Шаховского походили на правду. Царь Михаил был озабочен тем, чтобы выдать сестру замуж, и искал пути к соглашению. Шаховской адресовал письмо государю и надеялся заслужить его милость. Но он просчитался.

Узнав о речах Шаховского на приеме у царя Алексея, Боярская дума приказала допросить князя Семена. Он испугался и признал свои слова напраслиной. Розыск о навете, бросившем тень на покойного царя, привел к тому, что бояре обвинили Шаховского в «еретичестве и великом воровстве» и объявили, что он достоин сожжения на костре. Смертная казнь была заменена ссылкой в Сольвычегодск.

Официальные власти не останавливались перед самыми жестокими карами, охраняя московскую старину и незыблемость православия.

По смерти Михаила противники династии стали распространять слухи о том, что царь Алексей вовсе не является царским сыном, что он «подменный», что государь намеревался передать трон Вольдемару. После этого датчанина поспешили выпроводить из России.

Известным церковным деятелем был ученик Дионисия Иван Неронов. Увлекшись в юности религией, Неронов принялся обличать священников из своего села, погрязших в грехе. Его суровые обличения не встретили сочувствия даже у мирян. Юноше пришлось бежать из дома в Троице-Сергиев монастырь. Там он обратил на себя внимание Дионисия, который взял его в свою келью. Неронов перенял у учителя то, что было ближе всего ему самому, — преданность старомосковскому благочестию. Убедившись, что юноша «истинен и верен есть во всем», Дионисий отправил его к Филарету с рекомендательным письмом. Неронов был положен в священники и послан в Нижний Новгород.

Там он продолжал борьбу за нравственное возрождение духовенства и обновление церкви. В столице при посещении дворца он напустился на бояр за неблагочестие — бритье бороды и пр. За свои дерзкие выходки Неронову случалось быть битым.

Решительное столкновение христиан с мусульманским миром было не за горами, и Неронов объявил большим грехом войну христиан против христиан. Он выступил против приготовлений к войне с Речью Посполитой и предсказал поражение России.

Патриарх Филарет, до того покровительствовавший священнику, опалился на него и велел сослать в заключение в отдаленный Никольский Корельский монастырь. После смерти Филарета поборник веры вернулся в Нижний Новгород. В 1636 году он вместе с восьмью другими протопопами подал «память» новому патриарху с описанием церковных непорядков и призывом о спасении православия.