Отношение к католикам было более суровым, чем к протестантам. Французский посол в 1627 году пытался получить разрешение построить католический костел для французов, торговавших в России. Послу отказали.

Когда власти обнаружили, что среди приглашенных на царскую службу офицеров есть паписты, они все были под конвоем отосланы за рубеж.

Появление иноверцев придавало особый смысл усилиям властей возродить древнее благочестие православного духовенства. С давних времен одним из центров святости на Руси почитался Соловецкий монастырь на Белом море. В период Смуты в обители появилось множество новых пострижеников, принесших с собой мирские привычки и пороки.

В 1636 году царь Михаил обратился к соловецкой братии с учительным посланием. По его словам, только старые постриженики хранят предания основателей обители, а прочие старцы чинят смуту: «пьют вино красное немецкое», плохо исполняют монастырские работы, особенно в усольях, монастырю прибыли не ищут, отчего «монастырская казна пропадает».

Михаила тревожил упадок благочестия, а также и оскудение богатейшей в прошлом обители России.

В том же году царь сделал строгое внушение строителю Павлова-Обнорского монастыря. И здесь на первом месте стояло пьянство монахов. «Ведомо нам учинилось, — писал Михаил, — что в Павлове монастыре многое нестроение, пьянство и самовольство, в монастыре держат питье пьяное и табак, близ монастыря поделали харчевни и бани, брагу продают».

Бесчинства царили и в стольном граде, и в провинции. Преемник Филарета патриарх Иоасаф выступил с резкой критикой церковных настроений. Его обращение было, без всякого сомнения, согласовано с царем Михаилом и служило своего рода программой. «В царствующем граде Москве, — писал глава церкви своей, — в соборных и приходских церквах чинится мятеж, соблазн и нарушение вере, служба Божия совершается очень скоро, говорят голосов в пять, и в шесть, и больше, со всяким пренебрежением». Слова по поводу соблазна и мятежа носили риторический характер.

Конкретные замечания касались церковной службы, которую следовало отправлять неторопливо и благочинно.

Миряне вели себя столь же зазорно, как лица духовного чина: «а мирские люди стоят в церквах с бесстрашием и всяким небрежением, во время святого пения беседы творят неподобные с смехотворением».

Главные стрелы патриарх обращает против пьянства попов: «а иные священники и сами беседуют, бесчинствуют и мирские угодия творят, чревоугодию своему последуя и пьянству повинуясь, обедни служат без часов; во время великого поста службы совершают очень скоро; в воскресные дни и праздники заутрени поют поздно и скоро, учительные евангелия, апостолы, поучения святых отец не читаются. Пономари по церквам молодые без жен; поповы и мирских людей дети во время святой службы в алтаре бесчинствуют».