По христианской логике Флоренского, коренной грех возрожденческого антропоцентризма заключается в таком само упорстве самости, при котором утверждающее себя, как себя, без своего отношения к Богу Я становится своеобразным средостением между непрерывным и сплошь натурализованным миром и прорывом трансцендентную реальность. Главным орудием этого самоутверждения и господства над миром становится рационализм, обращающийся в сциентизме в научное суеверие и фанатизм. И хотя в глубочайшем самоощущении Флоренский всегда соприкасался со сверхрациональным измерением бытия как подлинной и несомненной действительностью (и в природе, и в человеческих душах), это живое и основное ощущение иного, чем только поверхность жизни, в его связном сознательно-научном миропонимании не принимало никакого участия. “Опыт, бесспорно подлинный и о подлинном, был сам по себе, а научная мысль, которой в каком-то душевном слое я просто не верил, – сама по себе. Это была характерная болезнь всей новой мысли, всего Возрождения; теперь, задним числом, я могу определить ее как разобщение человечности и научности. Бесчеловечная научная мысль – с одной стороны, безмысленная человечность – с другой. Пляшущая с торжеством смерти-победительницы на костях уничтоженного ею человека научная отвлеченность и забитый, прячущийся по углам человеческий дух. Все новое время страдало именно этою раздвоенностью, сначала в надежде совсем изничтожить дух, а потом, когда выяснилась несостоятельность этих надежд, в тоске и унынии”.

Имманентная и трансцендентная стихии столкнулись во внутреннем мире Флоренского с особой силой, ибо возрожденческая научность как бы стала его второй натурой. Однако антропоцентрическому и рационалистическому миропониманию “противостоял не менее сильный опыт, возрожденческие замыслы в корне их отрицающий. Вот почему именно во мне, когда возрожденчиство было форсировано и доведено до последнего напряжения, произошел и взрыв всех этих замыслов. Я был взращен и рос как вполне человек нового времени; и поэтому ощутил себя пределом и концом нового времени; последним (конечно не хронологически) человеком нового времени и потому первым – наступающего средневековья”.

После серии “случаев”, ставших для Флоренского разными гранями откровения и совмещавших в его сознании целые исторические периоды, он оценивает научное мировоззрение как ненужное знание, как труху и условность, не имеющую никакого отношения к истине и основам жизни, а в возводимом с помощью этого знания здании обнаруживает “не ценные камни, а щепки, картон и штукатурку”. “Произошел глубинный сдвиг воли, и с этого момента смысл умственной деятельности изменил знак”.