Борису Моисеевичу впоследствии рассказывали, что Мир-Джафар Багиров (1895–1956), первый секретарь Бакинского городского комитета партии (1933–1950) и первый секретарь ЦК Компартии Азербайджанской ССР (1933–1953), которого называли азербайджанским Берией и азербайджанским Сталиным, сказал «по-сталински»: «Этого не трогать!» Так ему суждено было остаться в живых.
«Разгром бакинской интеллигенции был ужасающий, – вспоминал уроженец Баку писатель Евгений Войскунский. – Тысячи людей – активных работников промышленности и культуры – насильственно выдирались из гущи жизни, выслушивали, обмерев, чудовищные обвинения, исчезали в подвалах серого особняка НКВД на улице Шаумяна. Много лет спустя мне однажды сказал пожилой, пострадавший в те годы человек, знавший бакинского властителя довольно близко: – Знаете, почему Багиров был такой бешеный? У него была экзема. Его мучил зуд».
Бориса Моисеевича, как близкого родственника врага народа, сняли с руководящей должности и направили трудиться простым оператором промысла. Но уже в 1938 году его перевели на должность геолога промысла, через два года он стал старшим геологом 11-го промысла треста «Лениннефть», где проработал в течение всей Великой Отечественной войны.
Нефть Азербайджана была в те годы единственным источником горючего в стране, на ней работала вся советская военная (впрочем, и гражданская) техника, и геологи нефтяных промыслов напряженно искали нефтяные пласты, пригодные к эксплуатации. В первые два года Великой Отечественной войны нефтяники Азербайджана дали стране почти 50 млн тонн нефти (рекордная цифра для тех лет).