Наибольшее беспокойство вызывали протестанты. Они составляли меньшинство населения — вполне вероятно, даже небольшое меньшинство, — но были неистово преданны своим религиозным убеждениям. Недавнее официальное воссоединение Англии с Римом заставило протестантов действовать более решительно, а поскольку их религиозные разногласия с королевой были неизбежно связаны также и с политической оппозицией, то они становились очень опасными. При этом логически последовательными протестанты никогда не были, у них существовало великое множество сильно отличающихся друг от друга доктрин, поэтому эмигранты, образовавшие на континенте колонии, почти сразу же начали ожесточенно сражаться друг с другом. Для Марии и ее советников они представляли единственную организованную силу, угрожающую королевской и церковной власти. Их глумлению над существующим порядком в стране пора было положить конец.

Протестанты боролись с режимом различными способами. Небольшие конгрегации единомышленников встречались в подвалах, разрушенных церквах или на кладбищах, где, возглавляемые проповедником или духовным пастырем, совершали богослужения. Одиночки, такие, как Анна Боккас, которая называла себя «светочем веры», провозглашали себя религиозными лидерами и привлекали к себе сторонников. Таких безжалостно хватали и бросали в тюрьмы. Было немало и тех, кто подвергал нападкам своих соседей-католиков, священнослужителей и саму королеву и даже совершал против правоверных католиков акты насилия. Например, в деревне недалеко от Лондона слуга дворянина-протестанта, услышав, как один католик говорил что-то похвальное о Mecсе, подбежал к нему и дважды нанес удар кинжалом. В графстве Эссекс ночью сожгли церковь, так что в ней невозможно стало служить, а в графстве Суффолк злоумышленники устроили пожар в церкви, «полной прихожан во время мессы».

С самого начала правления Марии каждый ее шаг по возвращению к старой вере встречался насмешками и саботажем. Весной 1554 года во многих приходах Лондона Пасху отпраздновали с полным восстановлением освященных временем традиций. На Страстную пятницу поклонялись кресту, на Вербное воскресенье несли вербы; изображенные на церковных хорах королевские гербы и библейские фразы были стерты и написаны заново. Святые дары были повешены над алтарями или возложены на них, а в соборе Святого Павла в соответствии со старинным обычаем во время вечерни на Страстную пятницу их уложили в саркофаг, где святые дары должны были находиться до утра Пасхи. На торжественной мессе в воскресенье их обычно извлекали из саркофага, и хор затягивал песню ангела у гробницы Иисуса «Он воскрес, его здесь нет». Однако после пятничной вечерни в собор проникли протестанты и выкрали из саркофага «тело Христово», поэтому когда наступил кульминационный момент, ко всеобщему смущению, радостные слова псалма оказались истинными — «тела Христова» действительно на месте не было. Возникла большая неловкость, а кое-кто даже вздумал посмеиваться, пока священник не принес другие святые дары. Как только эта история стала общеизвестна, тут же была сочинена баллада, размноженная во многих экземплярах, — о том, как паписты потеряли своего бога и положили на его место нового. Несмотря на обещанное большое вознаграждение, ни воров, ни автора баллады найти не удалось, зато трюк с похищением святых даров был в различных местах многократно повторен. В мае плотник по имени Джон Стрит во время службы на Смитфилд вообще попытался при скоплении народа вырвать «тело Христово» из рук священника, но вмешались прихожане, в результате чего Стрит оказался в тюрьме Ньюгейт. Хроникер пишет, что там «плотник начал прикидываться сумасшедшим».