Ренар, следивший за протестантской угрозой с самым пристальным вниманием, считал, что, если епископов не обуздать, они отправят на костер всех еретиков. Вызывали тревогу статьи Лондонского епископа Боннера, опубликованные осенью 1554 года. В них почти в каждом абзаце встречалось слово «инквизиция», и, чтобы оправдать их публикацию без одобрения короля, королевы или Совета, Боннер заметил, что «в религиозных делах надо действовать твердо и без страха». Как и Ренар, Боннер осознавал опасность протестантского бунта как реакцию на сожжения еретиков, но причин прекращать эти казни не видел. Напротив, он рекомендовал их продолжать, но действуя втайне.

Опасаясь слишком большого усердия епископов в этом вопросе, Ренар тем не менее верил, что Филипп, если захочет, сможет их сдержать. Но король не захотел. Причиной этому была его глубокая личная неприязнь к малейшему намеку на ересь. Конечно, сразу же после того как начались сожжения еретиков, Филипп решил на всякий случай от них отмежеваться и вывести из-под удара всех остальных испанцев, потому что подобная политика здесь могла привести к восстанию. Он повелел своему капеллану осудить сожжения, но это был всего лишь жест. Большую часть жизни Филипп прожил среди знаменитой испанской инквизиции, где в течение нескольких веков наказать за религиозные заблуждения мучительной смертью считалось богоугодным деянием. Инквизиторскую машину на полный ход запустила его прапрабабушка (она же бабушка Марии), королева Изабелла, а главный наставник Филиппа в государственных делах, его отец Карл V, по некоторым оценкам, сжег, обезглавил и похоронил живьем в своих фламандских землях по крайней мере тридцать тысяч лютеран и анабаптистов. В том же 1555 году по его повелению казнили семьдесят человек в месяц. Капеллан Филиппа, приехавший с ним в Англию, Альфонсо-и-Кастро, был известен как решительный гонитель еретиков. Свои трактаты на эту тему он посвящал испанскому принцу.

Обычно Филипп старался держать свои чувства при себе, но однажды в откровенном письме, написанном спустя четыре месяца после прибытия в Англию, заметил относительно англичан, назначенных быть его личными слугами в спальных покоях: «Я не уверен, что они достаточно добрые католики, чтобы постоянно находиться при моей персоне». Изощренная жестокость Филиппа во всем объеме проявилась вскоре после того, как он стал королем Испании. Филипп невероятно усилил работу инквизиции и лично председательствовал на многочисленных аутодафе, проводимых на городской площади в Вальядолиде. Сохранилось свидетельство, согласно которому король на вопрос одного из мучеников, за что он предает его такой жестокой смерти, ответил: «Если бы у меня был сын, такой же упрямый, как ты, я бы сам принес хвороста на его костер».