О том, что происходило на этом соборе, мы ничего точного не знаем, потому что в актах и литературных трудах того времени остались только отрывки преданий, намеки и легенды, так что историк здесь находится как бы среди бессвязных обломков древнего здания, восстановить облик которого он не имеет сил. Официальные документы ничего не говорят о ходе заседаний. Сохранилась, правда, избирательная грамота, но она нам мало может помочь, так как написана далеко не самостоятельно и притом не заключает в себе сведений о самом ходе избрания. Что же касается до неофициальных документов, то они представляют собой или легенды, или скудные, темные и риторические рассказы, из которых ничего нельзя извлечь определенного.
Однако попробуем восстановить не картину заседаний – это невозможно, а общий ход прений, общую последовательность избирательной мысли, как она пришла к личности Михаила Федоровича. Избирательные заседания собора начались в январе. От этого месяца до нас дошел первый по времени документ собора – именно грамота, данная князю Трубецкому на область Вагу. Эта область, целое государство по пространству и богатству, в XVI и XVII столетиях обыкновенно давалась во владение человеку, близкому к царю; при Федоре Ивановиче она принадлежала Годунову, при Вас. Ив. Шуйском – Дмитрию Шуйскому, теперь же переходила к знатному Трубецкому, по своему боярскому чину занявшему тогда одно из первых мест в Москве. Затем стали решать вопрос об избрании, и первым постановлением собора было не выбирать царя из иностранцев. К такому решению пришли, конечно, не сразу, да и вообще заседания собора были далеко не мирного свойства. Летописец об этом говорит, что «по многи дни бысть собрании людям, дела же утвердити не могут и всуе мятутся семо и овамо», другой летописец также свидетельствует, что «многое было волнение всяким людям, кийждо бо хотяше по своей мысли деяти». Царь из иностранцев многим казался тогда возможным. Незадолго перед собором Пожарский ссылался со шведами об избрании Филиппа, сына Карла IX; точно так же начал он дело об избрании сына германского императора Рудольфа. Но это был только дипломатический маневр, употребленный им с целью приобрести нейтралитет одних и союз других. Тем не менее мысль об иноземном царе была в Москве, и была именно у боярства: такого царя хотели «начальницы», говорит псковский летописец. «Народы же ратные не восхотели ему быти», – прибавляет он дальше. Но желание боярства, надеявшегося лучше устроиться при иноземце, чем при русском царе из их же боярской среды, встретилось с противоположным ему и сильнейшим желанием народа избрать царя из своих. Да это и понятно: разве мог народ симпатизировать иностранцу, когда ему так часто приходилось видеть, какими насилиями и грабежами сопровождалось на Руси появление иноземной власти? По мнению народа, иноземцы повинны были в смуте, губившей Московское государство.