Наконец, 7 февраля 1613 г. пришли к решению избрать Михаила Федоровича Романова.

По одной легенде (у Забелина), первый на соборе заговорил о Михаиле Федоровиче какой-то дворянин из Галича, принесший на собор письменное заявление о правах Михаила на престол. То же самое сделал какой-то донской атаман. Далее, Палицын в своем «Сказании» смиренным тоном заявляет, что к нему пришли люди многих городов и просили передать царскому синклиту «свою мысль об избрании Романова»; и по представительству этого святого отца будто бы «синклит» избрал Михаила. Во всех этих легендах и сообщениях особенно любопытна та черта, что почин в деле избрания Михаила принадлежит не высшим, а мелким людям. Казачество, говорят, также стояло за Михаила.

С 7-го числа окончательный выбор был отложен до 21-го, и посланы были в города люди, кажется, участники собора, узнать в городах мнение народа о деле. И города высказались за Михаила. К этому времени надо относить рассказы А. Палицына о том, что к нему явился какой-то «гость Смирный» из Калуги с известием, что все Северские города желают именно Михаила. Стало быть, против Михаила, насколько можно думать, были голоса только на Севере, народная же масса была за него. Она была за него еще в 1610 г., когда и Гермоген, при избрании Владислава, и народ высказывались именно за Михаила. Поэтому возможна мысль о том, что собор приведен к избранию Михаила Федоровича давлением народной массы. У Костомарова («Смутное время») эта мысль мелькает, но очень слабо и неопределенно. Ниже мы будем иметь повод на ней остановиться.

Когда Мстиславские и другие бояре, а также запоздавшие выборные люди и посланные по областям собрались в Москву, 21 февраля состоялось торжественное заседание в Успенском соборе. Здесь выбор Михаила был решен уже единогласно, вслед за чем последовали молебны о здравии царя и присяга ему. Известясь об избрании царя, города еще до получения согласия Михаила присягали ему и подписывали крестоцеловальные записи. По общему представлению, государя сам Бог избрал, и вся земля Русская радовалась и ликовала. Дело теперь оставалось только за согласием Михаила, получить которое стоило немалого труда. В Москве не знали даже, где он находится: посольство к нему от 2 марта отправлено было в «Ярославль или где он, государь, будет». А Михаил Федорович после московской осады уехал в свою костромскую вотчину, Домнино, где чуть было не подвергся нападению польской шайки, от которой спасен был, по преданию, крестьянином Иваном Сусаниным. Сусанин действительно существовал, и доказательством этого служит царская грамота Михаила, которой семье Сусанина даются различные льготы. Однако между историками велась долгая полемика по поводу этой личности: так, Костомаров, разобрав легенду о Сусанине, свел все к тому, что личность Сусанина есть миф, созданный народным воображением. Такого рода заявлением он возбудил в 60-х годах целое движение в защиту этой личности: явились против Костомарова статьи Соловьева, Домнинского, Погодина. В 1882 г. вышло исследование Самарянова «Памяти Ивана Сусанина». Автор, прилагая карту местности, подробно знакомит нас с путем, по которому Сусанин вел поляков. Из его труда мы узнаем, что Сусанин был доверенным лицом у Романовых, и вообще эта книга представляет богатый материал о Сусанине. Из Домнина Михаил Федорович с матерью переехал в Кострому, в Ипатьевский монастырь, построенный в XIV столетии мурзой Четом, предком Годунова. Этот монастырь поддерживался вкладами Бориса и при Лжедмитрии был подарен последним Романовым, как предполагают, за все перенесенное ими от Бориса.