В то время в Москве еще дожидались Филарета Никитича, и делами патриаршества управлял митрополит Крутицкий Иона – человек, не способный как следует рассудить это дело. Он стал на сторону врагов Дионисия. Кроме того, вооружили против Дионисия и царскую мать старицу Марфу, да и в народе распустили слух, что явились такие еретики, которые «огонь от мира хотят вывести». Дело кончилось осуждением Дионисия на заключение в Кирилло-Белозерский монастырь; но это заточение не было продолжительно. Вскоре в Москву приехал Иерусалимский патриарх Феофан, при котором возвратился и Филарет Никитич и был поставлен в патриархи. Снова произвели дознание о деле Дионисия и оправдали его; но в Москве все-таки продолжался спор о прилоге «и огнем». Филарет, не успокоенный доказательствами Феофана, просил его приехать в Грецию, хорошенько разузнать об этом прилоге. Феофан исполнил его просьбу и вместе с патриархом Александрийским прислал в Москву грамоты, подтверждавшие, что прибавка «и огнем» должна быть исключена. Таким образом, решено было уничтожить прилог.

Исправление книг не прекращалось и при патриархе Филарете (1619–1633) и Иосифе (1634–1640); но на исправление смотрели как на дело домашнее, ограничиваясь исправлением «ошибок пера», исправляя домашними средствами, то есть не считая нужным прибегать к сличению наших книг с древнейшими греческими. Мысль о необходимости этих сличений, однако, проскользнула еще при Филарете: в 1632 г. приехал с Востока архимандрит Иосиф и был определен для перевода на славянский язык греческих книг, необходимых для церковных нужд, и книг на «латинские ереси», да и, кроме того, его обязали «учити на учительном дворе малых ребят греческого языка и грамоте». Но в начале 1634 г. Иосиф умер, и школа его заглохла.

И при патриархе Иосифе (1642–1652) исправление шло все тем же путем, то есть исправляли русские люди, не обращаясь к греческим книгам. На дело исправления много влияли при Иосифе некоторые люди, ставшие потом во главе раскола; таковы протопопы Иван Неронов, Аввакум Петров и дьякон Благовещенского собора Федор, – из кружка Степана Вонифатьева, близкого к патриарху Благовещенского протопопа и царского духовника. Может быть, их влиянием и было внесено и распространено при Иосифе много ошибок и неправильных мнений в новых книгах, как, например, двоеперстие, которое стало с тех пор считаться единственным правым крестным знамением.

Но вместе с тем со времени Иосифа замечается поворот к лучшему. В 1640 г. пришло предложение Петра Могилы, митрополита Киевского, устроить в Москве монастырь и школу по образцу коллегий западнорусского края. Затем, в 1645 г., приходит предложение патриарха Цареградского Парфения через митрополита Феофана об устройстве в Москве для печатания греческих и русских богослужебных книг типографии, а также и школы для русских детей. Но при Михаиле Федоровиче как то, так и другое предложение не встретило сочувствия. С воцарением Алексея Михайловича дела пошли иначе. Тишайший царь писал (в 1649 г.) преемнику Петра Могилы Киевскому митрополиту Сильвестру Коссову, прося его прислать ученых монахов, и, согласно царскому желанию, в Москву приехали Арсений Сатановский и Епифаний Славинецкий, сделавшийся впоследствии первым ученым авторитетом в Москве. Они приняли участие в исправлении наших богослужебных книг. Одновременно с этим постельничий Федор Михайлович Ртищев устраивает под Москвой Андреевский монастырь, а в нем общежитие ученых киевских монахов, вызванных им с юга. Таким образом впервые входила к нам киевская наука.