Федор Алексеевич вступил на престол четырнадцати лет. Еще мальчиком был он чрезвычайно хилым и болезненным. В царской семье господствовал раздор, происходила борьба между двумя партиями: с одной стороны, стояла партия Наталии Кирилловны Нарышкиной, мачехи Федора, с другой – сестер и теток царя, около которых группировалась родня первой жены царя Алексея, Марии Ильинишны, – Милославские. Последние одержали верх, результатом чего было падение Артамона Сергеевича Матвеева. За приверженность к западной науке он был обвинен в чернокнижии и отправлен в ссылку в город Пустозерск. Но влияние Милославских, погубивших Матвеева, недолго длилось: их заменили любимцы царя Федора, постельничий Языков и стольник Лихачев, люди образованные, способные и добросовестные. Близость их к царю и влияние на дела были очень велики. Немногим меньше было значение князя В. В. Голицына. В наиболее важных внутренних делах времени Федора Алексеевича непременно нужно искать почина этих именно лиц, как руководивших тогда всем в Москве.
В первое время царствования Федора московское правительство всецело было поглощено внешними делами – вмешательством турок в малороссийские дела и беспорядками в самой Малороссии. С большими только усилиями удалось (в 1681 г.) удержать за собой новоприсоединенный край. И благодаря таким внешним осложнениям во внутренней деятельности правительства при Федоре незаметно никакого почти движения до последних лет его царствования. Зато в самом его конце под влиянием новых любимцев царя оживилась эта внутренняя деятельность и оставила по себе несколько любопытных мер и проектов.
В самые последние дни царствования Федора Алексеевича был, например, составлен проект высшего училища, или так называемой Греко-Латинской академии (этот проект напечатан в VII томе «Древней российской вивлиофики»). Он возник таким образом: с Востока в Москву приехал монах Тимофей, сильно тронувший царя рассказом о бедствиях Греческой церкви и о печальном состоянии в ней науки, так необходимой для поддержания на Востоке православия. Это подало повод учредить в Москве духовное училище на 30 человек, начальником которого был сделан сам Тимофей, а учителями – два грека. Целью этого предприятия было, таким образом, поддержание православия. Но этим небольшим училищем не довольствуются, – и вот появляется проект академии, характер которой выходит далеко за пределы простой школы. В ней должны были преподаваться грамматика, пиитика, риторика, диалектика и философия «разумительная», «естественная» и «правая». Учителя академии должны были все быть с Востока и, кроме того, с ручательством патриархов. Но этим еще не исчерпывалась задача академии, академия должна была следить за чистотой веры, быть орудием борьбы против иноверцев, из нее должны были выходить апологеты православия, ей присваивалось право суждения о православии всякого, и иноземца, и русского. «Московская академия, по проекту царя Федора, – говорит Соловьев, – это цитадель, которую хотела устроить для себя православная церковь при необходимом столкновении своем с иноверным Западом; это не училище только, это страшный инквизиционный трибунал. Произнесут блюститель с учителями слова виновен в неправославии, – и костер запылает для преступника» («Ист. России», XIII, гл. 11). Нужно заметить, что академия была учреждена после смерти Федора, и первыми ее учителями были вызванные с Востока ученые братья Лихуды (Иоаникий и Сафроний).