Преследование со стороны паствы сделало положение православных пастырей невозможным: их теснили и свои люди, и католики, и правительство. Не желая переделывать свою жизнь на более строгий лад, но желая приобрести лучшее положение в государстве, некоторые православные епископы задумали добиться этого путем унии с католичеством. Мысль об унии созрела в голове Луцкого епископа Кирилла Терлецкого, понравилась многим епископам и встретила поддержку у Брестского епископа Ипатия Поцея и Киевского митрополита Михаила Рагозы. Готовность к унии была заявлена королю Сигизмунду под строгой тайной, а затем Терлецкий и Поцей поехали в 1595 г. в Рим и от имени всех западнорусских епископов заявили папе готовность подчиниться его авторитету.

Когда Западная Русь узнала о деле своих епископов, она не пристала к нему и готова была оружием противиться введению унии. На Варшавском сейме русские вельможи потребовали свержения епископов за самовольную унию. В Западнорусской церкви произошел, таким образом, открытый раскол, который думали потушить церковным собором в Бресте осенью 1596 г.; здесь этот раскол был только оформлен: православные лишили епископов-униатов их сана, униаты же наложили проклятие на духовенство, верное православию. Уния так и не состоялась.

Но папство имело право считать и считало унию состоявшейся, потому что имело в своих руках грамоту на унию от лица всей западнорусской иерархии. На эту точку зрения стало и польское правительство: оно рассматривало теперь православных как еретиков, ослушников своей иерархии, а также и польского правительства.

Полноправная литовско-русская религия обратилась в «презренную хлопскую схизму» (ибо исповедовалась по преимуществу низшими классами) и подлежала преследованию, которое тотчас же и началось. Православные не имели священников, богослужение совершалось в полях, ибо в городах было запрещено, детей возили крестить за 100 верст, в иных местах церкви отдавались на откуп евреям, которые облагали богослужение в них и требы произвольными поборами. Униат епископ Полоцкий Иосафат Кунцевич выбрасывал из могил православных на съедение собакам. Но и при таких условиях православные держались и отстояли за собой Киево-Печерскую лавру и митрополичью кафедру в Киеве, духовную академию (трудами Петра Могилы); добиваясь некоторых постановлений, благоприятных для православия, на сеймах, заводили школы и благотворительные учреждения. Все это были легальные способы борьбы с польско-католическим гнетом. Но были и нелегальные – восстания, в которых главная роль принадлежала казачеству.