«Реформу начали откровенно и резко скручивать в конце шестидесятых, — вспоминал Николай Рыжков, будущий глава советского правительства, работавший тогда на Уралмаше. — Внизу, на производстве, это чувствовалось особенно отчетливо и больно: только вздохнули, как кислород опять перекрывают… Те, кто сразу усмотрел в экономических преобразованиях угрозу политической стабильности, только повода дожидались, чтобы эту реформу придушить. И повод нашелся. Весна 68-го, Пражская весна не на шутку перепугала столпов и охранителей догматической идеологии».

В роли «столпов и охранителей», защищавших прежний экономический порядок, выступали не только партийные идеологи-ортодоксы во главе с членом Политбюро Михаилом Сусловым. Реформу тихо саботировали отраслевые отделы ЦК, республиканские и областные партийные комитеты. Сопротивлялись реформе и многие министерства.

Ярчайшим примером такого сопротивления стал «бунт сорока министров», описанный приближенным к Косыгину журналистом «Известий» Игорем Карпенко. «Суть дела заключалась в том, — рассказывал Карпенко, — что реформа резко увеличила цену срыва договорных обязательств. Предприятие, скажем, из-за недопоставки чепуховой, копеечной детали могло задержать выпуск дорогостоящей продукции, сорвать задание по ее реализации, а значит, потерять значительную сумму отчислений в поощрительные фонды. По новым условиям в таких случаях можно было через Госарбитраж взыскать с недобросовестного партнера не только штраф за недопоставленную продукцию, но и потребовать возмещения всех потерь и убытков, которые понесло предприятие. Госарбитраж получил право решать такие споры, даже если они возникли у коллектива с собственным министерством. Однако охотников обращаться в Госарбитраж с подобными жалобами находилось очень мало — получалось себе дороже. Ведь с поставщиком, не говоря уж о собственном министерстве, работать предстояло многие годы, и портить с ним отношения было просто опасно. Чтобы поднять дисциплину взаимных поставок, Косыгин пошел на такую меру: было принято постановление, по которому выполнение плана засчитывалось лишь после удовлетворения всех заказов потребителей. Против этого и восстали дружно наиболее сильные министерства и авторитетные министры, утверждавшие, что в таком случае все их предприятия останутся не только без премий, но и без зарплаты. В итоге победа осталась за министрами. И хотя распоряжение Косыгина официально отменено не было, оно практически никогда так и не вступило в действие».

Сопротивление реформе поддерживал Брежнев в своей борьбе с Косыгиным за власть и влияние. В конце 1967-го генсек провел решение, чтобы в этом году «в порядке исключения» остатки прибыли, которыми предприятия могли распоряжаться по своему усмотрению, были перечислены в государственный бюджет. Вот с того момента, по выражению Н. И. Рыжкова, «реформу начали откровенно и резко скручивать».