Байбаков не ладил с Федоренко. Считал, что его институт противостоит Госплану. Суть этого противостояния выразил в одном из поздних интервью бывший сотрудник ЦЭМИ, а с середины шестидесятых уже специалист Госплана Владимир Коссов: «Причина-то была простая, я об этом Николаю Прокофьевичу Федоренко, директору института, говорил: “Мы с вами, Николай Прокофьевич, оба интернационалисты, оба поем "Интернационал", только делаем ударения на разных частях партийного гимна. Вас интересует "до основания", а меня "а затем"”.

Федоренко активно продвигал автоматизированную систему плановых расчетов, что вызывало сопротивление Госплана СССР. В свою очередь, ЦЭМИ раз за разом нападал на Госплан. Федоренко твердил, что они всё неправильно делают. Утверждал себя таким образом. Они — неправильно, а мы — правильно. В 1973 году был окрик из “Правды” — статья о том, что обижают экономистов из ЦЭМИ. После этого в журнале “Плановое хозяйство” была большая дискуссия на редколлегии, правильно мы их критикуем или неправильно».

Федоренко находился под крылом секретаря ЦК Петра Демичева, своего студенческого друга, с которым, они, по словам самого Федоренко, «вместе к девкам в общежитие лазили». Но, несмотря на высокое покровительство, рекомендации ЦЭМИ, адресованные властям, оседали в архивах или блокировались еще на дальних подступах к ЦК и Совмину. Такой блокировке подвергся в Госплане и прогноз развития народного хозяйства СССР на 1970—1980-е годы.

Дело было так. В 1967 году ЦЭМИ делал расчеты на девятую и десятую пятилетки. Работа велась под руководством талантливого молодого ученого Бориса Михалевского. В ней доказывалась бесперспективность развития некоторых отраслей, предсказывались общий спад промышленного производства, снижение эффективности капитальных вложений, нарастание международной изоляции СССР… Словом, рисовалась реальная картина действительности. И впервые применительно к советской экономике прозвучал термин «инфляция». Было показано, как повышаются цены без их видимого изменения. Это делалось, например, за счет снижения веса стандартных банок сгущенки с 310 до 300 граммов. Или путем добавления в колбасу воды, крахмала и костей. Или сокращением циклов созревания сыра, пива, вина.

Авторы работы предлагали в девятой и десятой пятилетках снизить темпы прироста промышленного производства и одновременно резко увеличить выпуск потребительских товаров. Такой маневр, по их мнению, помог бы за 5-10 лет совершить перевод промышленности на современные технологии и тем обеспечить ее будущее развитие.