Кто-то из зампредов по завершении срочной или очень важной работы мог пригласить к себе сотрудника и вручить конверт. Лично я конверты ни разу не получал, но много слышал о них».
За время своего существования Госплан СССР претерпел ряд реорганизаций. В 1970—1980-е годы руководящим органом ведомства выступала коллегия. В нее входили председатель, его заместители и руководители основных подразделений. Председатель Госплана по должности был также заместителем председателя Совета министров СССР, а некоторые его заместители имели ранг министров.
В Госплане СССР эпохи Байбакова насчитывалось около 70 подразделений и около 3 200 сотрудников. Ведущим был сводный отдел народнохозяйственного планирования, который организовывал работу ведомства и готовил наиболее принципиальные решения; следующий уровень — своднофункциональные отделы (финансов, капитальных вложений, труда и социальных вопросов, территориального развития, материальных балансов, обороны и безопасности); в основании этой организационной пирамиды находились отраслевые отделы.
При Госплане действовали Государственная экспертная комиссия (ГЭК), Научно-исследовательский экономический институт, Совет по изучению производственных сил, Институт комплексных транспортных проблем, Всесоюзный научно-исследовательский институт комплексных топливно-энергетических проблем, Научно-исследовательский институт планирования и нормативов, Главный вычислительный центр, Высшие экономические курсы. Госплан издавал журнал «Плановое хозяйство».
Структура Госплана была трехслойная. Наверху — сводные отделы. Они отвечали за строчки в плане. Ниже располагались сводно-функциональные отделы. Например, отдел финансов и себестоимости, отдел труда, отдел внешней торговли. Затем шли отраслевые отделы. По отраслям промышленности, сельскому хозяйству, транспорту, товарообороту, внешней торговле, культуре и образованию, здравоохранению, жилищному и коммунальному хозяйству, бытовому обслуживанию населения и т. п. Они соответствовали отраслевым министерствам и точь-в-точь повторяли их названия. Ранг начальника отраслевого отдела соответствовал рангу отраслевого замминистра. При этом Госплан главенствовал над министерствами. В свою очередь, каждый отраслевой отдел Госплана курировался соответствующим отраслевым отделом ЦК КПСС.
«У каждой строчки в плане был “хозяин” — человек, который ее формировал. Есть у работника Госплана своя строчка — есть и он сам. Нет такой строчки — будь уверен, твоя должность испарится при ближайшем сокращении штата, — рассказывает Коссов. — Я, работая в сводном отделе, отвечал за формирование цифр пятилетнего плана. Это происходило в два этапа. Сначала намечались контуры плана, они фиксировались в “Контрольных цифрах”. Эти цифры определяли “лицо” пятилетки и составляли суть документа “Основные направления развития народного хозяйства СССР” на очередную пятилетку, которые утверждались съездом КПСС. На основе утвержденных съездом “Основных направлений” разрабатывался пятилетний план, который называли “встречным” по аналогии с первыми пятилетками. Разработка пятилетнего плана шла от предприятий к министерствам, которые представляли свои проекты в Госплан СССР. Сведенный Госпланом СССР пятилетний план выносился на Верховный Совет СССР, который и утверждал его. В “Основных направлениях” была и текстовая часть, мы ее называли “молитва”. “Молитву” писал мой коллега Федор Иванович Котов. Да и не писал даже, а просто переписывал из предыдущей “молитвы”, оставляя пробелы, на нашем сленге — “дырки”. Эти “дырки” я должен был потом заполнить цифрами. Любимая шутка в Госплане была: “Не забудь исправить номера съездов”. А себя мы называли “писарчуками”. Говорили: “Пишу речи от "Товарищи!" до "Да здравствует!"” Недостатки требовалось подавать как скрытые резервы, а цели на будущее (те самые “молитвы”) выбирать как можно более “дешевые” — чтобы звучало хорошо, а выполнить можно было легко».