К этому времени амбиции Али-паши стали слишком очевидными, чтобы их не замечать. В качестве первого шага по их сдерживанию султан сместил его сына с должности губернатора Морей. Это подтолкнуло Али к поступку, который впоследствии обусловил его падение. Думая, что некий Пачо-бей, член домашней свиты самого султана, работает против него, Али сделал неудачную попытку организовать его убийство, после чего султан приказал сместить слишком амбициозного правителя. Против Али была отправлена турецкая армия, а военно-морские силы напали на Превезу, которой управлял один из сыновей Али. Город почти сразу сдался. С октября 1820 до февраля 1822 года Али был осажден в замке Янины. Затем он запросил условия перемирия и в конце первого их обсуждения был предательски убит.
Пока большая часть турецких сил была занята в войне против Али-паши, создались благоприятные условия для восстания христианских подданных султана. Первая попытка была сделана в Валахии и Молдавии господарем Александром Ипсиланти, греческим офицером на русской службе, который в начале марта 1821 года с группой единомышленников переправился через Прут и в апреле вошел в Бухарест, но в июне потерпел поражение, скрылся в Австрии, где попал в тюрьму.
Менее чем через месяц после начала похода Ипсиланти восстали греки Морей. На этот раз восстание было спонтанным и успешным. К концу года из всей территории Южной Греции в руках турок остались следующие: остров Негропонт (Эвбея), афинский Акрополь, города Нафплион, Корон, Модон, Патры и еще две крепости по обе стороны «Маленьких Дарданелл», узкости между Патрасским заливом и Коринфским заливом.
Тем временем восстание распространилось на острова Архипелага. Массовые убийства и грабежи охватили Эгейское и соседние моря. Жители острова Специя восстали 7 апреля, Псары – 23-го, Гидры и Самоса – 28-го и 30-го. С этих и других островов и из самых разных портов выходила целая орда небольших судов, устроивших настоящую охоту на турецкое судоходство. Многие из них были обычными пиратами, но другие имели полномочия от того или иного временного правительства. Некоторые впоследствии явились основой национального флота, в котором искусство судовождения и энтузиазм компенсировали отсутствие организации и дисциплины.
Первым греческим военно-морским успехом стал захват на Милосе 24 апреля двух турецких военных кораблей, корвета и брига, восемью бригами со Специи. Эти призы впоследствии никак не использовались. Их отвели к Специи и там затопили1. После этого был собран флот из 11 судов с Гидры, 7 – со Специи и 3 – с Псары под командованием Джакумаки Томбазеса с Гидры. Он должен был поднять восстание на Хиосе. Выйдя из Эгинского залива 2 мая, флот достиг Хиоса 9-го, но оказалось, что его жители еще не готовы восстать. Зато мятежные склонности проявили команды кораблей, и 15 мая, после короткого захода в Митилену, флот вернулся к Гидре2.