Далее последовала знаменитая Хиосская резня. Хотя греки, жившие на этом острове, пока не демонстрировали мятежных настроений, их соотечественники с Самоса, уже отразившие одну атаку турок, считали своим долгом сделать еще одну попытку расшевелить их. Уже 22 марта на Хиосе высадилась экспедиция с Самоса, и ее успех – она смогла «загнать» турок в крепость главного города – побудил жителей присоединиться к тому, кто оказался в тот момент побеждающей стороной. К сожалению, экспедиция была предпринята без обеспечения поддержки с моря, так что ничего не мешало туркам отомстить. Кара Али, ставший капудан-пашой, прибыл к острову 11 апреля со значительным флотом и без труда высадил на остров 7 тысяч человек. Греки, прибывшие на остров, поспешно удалились на свои суда, а туркам осталось лишь убить или обратить в рабство несчастных островитян.

Греческий флот появился месяцем позже. Миаулис покинул Гидру 25 мая и 10-го увел с Псары флот в количестве 56 судов⁶. Три недели корабли крейсировали между этим островом и Хиосом, иногда подходя достаточно близко, чтобы спасти уцелевших в резне жителей, но не предпринимали никаких действий против турецкого флота. Только вечером 31 мая он повел группу из 15 военных кораблей и трех брандеров в канал Хиоса, оставив остальной флот рассредоточенным вокруг северного входа. Турецкие корабли – 6 линкоров, 9 или 10 фрегатов и около 30 судов меньших размеров – сразу снялись с якорей и смогли избежать встречи с брандерами. Имела место перестрелка, и один брандер был израсходован раньше, чем греки ушли на север, преследуемые турками. Миаулис вернулся к Псаре, а турки – на свою якорную стоянку вблизи города Хиос.

Ночью 18 июня греки совершили вторую атаку двумя брандерами, на этот раз успешную. Первый – им командовал Константин Канарис с Псары – навалился на борт флагмана Кара Али, 84-пушечный линкор «Мансур эль лива»⁷, где элита турецкого офицерства праздновала канун Байрама. Поскольку бушприт брандера фактически проник сквозь орудийный порт, от него уже нельзя было избавиться и турецкий корабль был быстро уничтожен. Кара Али был смертельно ранен упавшей мачтой. Утверждают, что было убито или утонуло более двух тысяч человек. Второй брандер атаковал флагман контр-адмирала и сильно повредил корабль, хотя и не уничтожил его. Уцелевшие турецкие корабли разошлись в разных направлениях, но 22-го собрались у Митилены. По словам французского офицера, для их полного уничтожения нужно было всего лишь присутствие части греческого флота и еще несколько брандеров. Миаулис не отходил от Псары до 21-го, а к этому времени враг уже пришел в себя. Намеченная на 27-е очередная брандерная атака не состоялась из-за плохой погоды, и Миаулис сумел только 29-го на ходу обстрелять крепость Хиоса. На следующий день он вернулся на Псару и оставался там до 5 июля, когда отплыл на Тенедос. Но там выяснилось, что турки 2-го вошли в Дарданеллы. Греческий флот оставался в этих водах еще две недели, после чего корабли разошлись по своим портам.