Тем временем у сомнительных торговцев ближневосточными древностями начали появляться все новые свитки из Кумрана. Три приобрел израильский археолог профессор Элеазар Сукеник. Вскоре после этого Сукеник услышал о тех свитках, которые достались Мар Самуэлю, и попытался их у него купить, но стороны не пришли к согласию.

Дальше свою лепту внес Джон Тревер. Он работал по найму в Американской школе восточных исследований (ASOR) и был заядлым фотолюбителем. Это его хобби сыграло важную роль в истории Свитков Мертвого моря. В феврале 1948 года он встретился с Мар Самуэлем и сфотографировал все принадлежавшие митрополиту свитки. За прошедшие со времени находки годы состояние реликвий постепенно ухудшалось, но в фотоальбоме Тревера исследователи до сих пор могут увидеть, как они выглядели шесть десятилетий назад. Сделанные им снимки значительно помогли ученым, изучавшим реликвии, в частности, дали возможность осуществить их перевод.

Начавшаяся в том же 1948 году арабо-израильская война вынудила перевезти свитки на сохранение в Бейрут. В то время никто из ученых понятия не имел, где были найдены реликвии, и, конечно, пытаться выяснить их происхождение в охватившем страну хаосе не представлялось возможным. И только в январе 1949 года наблюдатель Организации Объединенных Наций обнаружил наконец рядом с Кумраном пещеру, которая впоследствии стала известна как пещера номер 1.

Как только она была открыта, начались дальнейшие исследования, и вскоре в окрестностях древнего поселения обнаружили множество пещер. Свитки находили в одиннадцати из них. В самом же Кумране за все годы не было найдено ни одного свитка или хотя бы фрагмента.

Первую археологическую экспедицию в Кумран возглавил отец Ролан де Во из Библейской Школы в Иерусалиме. В 1949 году он начал раскопки в пещере номер 1, а спустя два года стал копать уже и в самом Кумране. Подход де Во к изучению находок оказался в корне неверным: он предположил, что авторами Свитков Мертвого моря являлись обитатели Кумрана, и использовал тексты для построения картины жизни кумранской общины того времени.

В результате получился классический порочный круг, и результат был совершенно предсказуем. Свитки содержали в большинстве своем религиозные тексты, так что де Во заключил, что обитатели Кумрана были членами религиозной секты, известной как ессеи. Соответственно, все обнаруженные им и его единомышленниками находки интерпретировались исключительно в данном ключе, хотя никаких фактов в поддержку этой гипотезы так и не было представлено. Так и получилось, что резервуар для хранения воды стал у него ритуальной иудейской купальней, и все в таком же духе, а те находки, которые противоречили раз выдвинутому предположению, просто игнорировались либо объявлялись позднейшими включениями.