Самым трудоемким этапом подготовки был выбор способа эффектного обрушения зданий ВТЦ, чтобы произвести неизгладимое впечатление на зрителей во всем мире. Небольшой пожар на их верхних этажах, который пожарные быстро бы ликвидировали, не мог произвести должного эффекта. Снос этих исполинских махин с мощнейшим внутренним «позвоночником» — тугоплавким центральным остовом из армированной стали и железобетона — был сложнейшей инженерной задачей. Здания были невероятно прочными: их проектировали так, чтобы они выдерживали инерцию самых мощных ураганов, множественные столкновения с самолетами, а также непрерывные интенсивные пожары на всех ста семи этажах одновременно продолжительностью до двух суток. Когда их вводили в эксплуатацию, то внизу, в фундаменте обеих башен ВТЦ, даже сформировали специальные полости для небольших ядерных зарядов гражданского назначения: в то время это был единственно возможный способ их сноса в случае необходимости. К счастью, с тех пор технологии шагнули вперед и прибегать к радиоактивному загрязнению Нью-Йорка 11 сентября не пришлось.

Эксперты компании Controlled Demolition, мирового лидера сноса зданий и промышленных объектов, нанятые для этого проекта под грифом Top Secret, предложили использовать сверхмощный армейский взрывчатый состав «Термит». Порошкообразная смесь оксидов алюминия и никеля с нитратом бария при детонации создавала мощнейшие взрывы с очень высокой температурой горения. В отличие от нестойкого, летучего и горящего с низкой температурой авиационного керосина, «Термит» буквально сжирал любую самую стойкую сталь за мгновения, образуя потоки, по внешнему виду, цвету и консистенции похожие на вулканическую лаву. Для того чтобы осуществить снос башен-близнецов, требовалось незаметно разложить упаковки данной смеси на каждом этаже: в центре — в лифтовых шахтах, а также у каждой боковой стальной балки. Каждая упаковка смеси снабжалась радиоуправляемым детонатором. В выходные, 8 и 9 сентября, все офисы ВТЦ были закрыты на 36 часов на ремонтно-технические работы. Мэрия Нью-Йорка согласовала отключение сигнализации и видеонаблюдения внутри зданий в ходе этих работ, чтобы избежать ошибочных вызовов тревоги. Чтобы обрушение всего исполинского небоскреба было мгновенным, с наименьшей площадью разброса обломков (то есть чтобы здания сложились как бы внутрь самих себя, избежав лишних жертв в окрестных кварталах), было особенно важно подорвать все заряды утром 11-го одновременно или хотя бы в пределах одной минуты.

К контролируемому сносу также подготовили и еще одно строение комплекса — «здание № 7», широкий 45-этажный небоскреб, казавшийся невысоким крепышом на фоне «близнецов». На первый, да и на любой взгляд разрушение этого здания казалось совсем нелогичным. В него не врезались самолеты, пожаром были охвачены лишь несколько его этажей, а крышу повредили отдельные обломки башен, но не более того. Это здание было снесено по личной просьбе владельца комплекса ВТЦ Ларри Сильверстайна, который наотрез отказывался оплачивать его последующий неизбежный снос из-за больших повреждений из собственного кармана. Военные совсем не возражали против этой идеи, но по другой причине: два этажа здания № 7 были полностью отданы под архив финансовой документации Пентагона. Несколькими месяцами ранее Рамсфелда официально уведомили о запланированной конгрессом «глубокой ревизии» финансовой деятельности ведомства. Конгрессмены хотели проверить подтверждение военных расходов США за последние несколько лет. Действительно, иногда одна хорошая идея позволяет решить сразу несколько разных проблем. Вопрос о том, по какой таинственной причине разрушилось седьмое здание, практически не был затронут в итоговом отчете комиссии, но зато вызвал множество вопросов у очевидцев трагедии.