3-го июля в 15.00 в воздух поднялась группа самолетов: четыре «Геркулеса» (С-130) и два «Боинга-707». В «Геркулесах» летели коммандос. Первый «Боинг» вез штаб и центр связи — он должен был все время находиться в воздухе и оттуда координировать действия отдельных групп. Второй «Боинг», оборудованный как летающий госпиталь с медицинским персоналом на борту, стартовал два часа спустя. Этот самолет должен был приземлиться в Найроби, где предполагалось заправить «Геркулесы», возвращавшиеся после завершения операции.

В режиме полного радиомолчания самолеты пролетели над Красным морем. Затем, снизившись до малой высоты, чтобы не быть обнаруженными радарами, они миновали территорию Эфиопии и Кении. В 23 часа первый «Геркулес» коснулся посадочной полосы в Энтеббе, примерно, в полутора километрах от терминала.

Едва самолеты остановились на взлетно-посадочной полосе, как из них выкатили джипы с десантниками и лимузин, почти такой же, как у президента Иди Амина. Кортеж с лимузином во главе направился к терминалу. Расчет был на замешательство угандийских солдат в первые секунды после того, как они увидят приближающийся «президентский» кортеж. И хотя не все прошло гладко (не удалось «снять» одного из часовых из пистолетов с глушителями, а автоматная очередь насторожила солдат на башне терминала), десантникам все же удалось вплотную приблизиться к месту нахождения заложников. Затем штурмовая группа ворвалась в здание терминала, а группа прикрытия открыла огонь по угандийским солдатам.

В результате операции погибли трое заложников. Все остальные были спасены. Были убиты все террористы и не менее 20 солдат Иди Амина. Группа прикрытия также уничтожила все истребители, находившиеся на аэродроме, исключив опасность преследования «Геркулесов». С израильской стороны погибли двое коммандос. Одним из них был командир спецназа полковник Ионатан Натаньяху.

Первый этап всемирно известной операции по освобождению заложников в аэропорту Энтеббе является классическим примером скрытного выдвижения штурмовых групп к месту штурма.

При скрытном выдвижении внезапность штурма обеспечивается незаметным передвижением, маскировкой, возможно, применением хитрости, как в случае с «президентским» лимузином. Все это в совокупности позволяет группе захвата очень близко подобраться к террористам прежде, чем они обнаружат спецназовцев.

Часто к объекту штурма можно приблизиться под видом людей, которых преступники не считают для себя опасными. Известны случаи, когда бойцы штурмовой группы, не вызывая подозрений, прибывали к дверям захваченного здания на фургонах курьерского агентства UPS. Пакеты служили прекрасной маскировкой для пистолетов-пулеметов.