После ареста руководства Фонда обязательного медицинского страхования проблемы дополнительного лекарственного обеспечения усугубились (это могло быть как естественным результатом дезорганизации работавшей, пусть и коррупционной, системы, так и попыткой сознательного давления на следствие). В январе-феврале 2007 года льготники по программе дополнительного лекарственного обеспечения получили в 2–3 раза меньше лекарств, чем за то же время 2006 года. В некоторых регионах выписка лекарств, – в том числе против тяжелых заболеваний, – была сокращена вчетверо или прекращена вообще. По сообщениям СМИ, непосредственной причиной кризиса стали непонятно кем и как допущенные «ошибки» в планировании бюджета дополнительного лекарственного обеспечения, из-за чего долг государства перед поставщиками лекарств (в том числе и из-за завышения цен на них) составил 40 млрд. руб., и те прекратили их предоставление.

В начале марта представитель «Единой России» в Госдуме пригрозил Зурабову отставкой, если тот за две недели не преодолеет острый дефицит лекарств. В установленный срок тот встретился с председателем Госдумы Грызловым и сообщил о намерении создать особую программу для льготников, страдающих наиболее тяжелыми заболеваниями и нуждающихся в наиболее дорогих медикаментах, – для 300 тыс. чел. из 9 млн. Эта программа должна была обеспечить лекарствами больных диабетом, гемофилией, рассеянным склерозом и онкологическими заболеваниями. Основная часть денег тратилась именно на их обеспечение; остальные выдавливались из программы дополнительного лекарственного обеспечения, так как, не имея возможности гарантированно получать лекарства, предпочитали брать деньги и покидать ее.

Через две недели после встречи Зурабова с Грызловым, 4 апреля 2007 года, в преддверии парламентских выборов, Госдума направила премьеру Фрадкову обращение «О кризисной ситуации, сложившейся в сфере обеспечения населения лекарственными средствами». Парламент признал деятельность Зурабова неудовлетворительной и предложил отказаться от искусственного объединения разнородных функций в одном ведомстве, вернувшись к традиционным Министерствам здравоохранения и социального развития. Однако от требования отставки Зурабова «Единая Россия», доминировавшая в Госдуму, отказалась, – и Фрадков, похоже, попросту не обратил внимания на трепыхания парламентариев: вероятно, Госдума обладала существенно меньшим политическим влиянием, чем оказывавшие Зурабову протекцию (среди них, по всей видимости, продолжал оставаться Волошин).