Летом 2006 года группа Счетной палаты во главе с аудитором Владимиром Гореглядом проверяла документы Фонда обязательного медицинского страхования (ФОМС) за 2005 год и обнаружила «нарушения финансовой дисциплины». По итогам проверки представления о необходимости устранить выявленные нарушения были отправлены в ФОМС и Зурабову, курирующему его работу, а генпрокуратура возбудила уголовные дела – сначала в связи с нецелевым использованием бюджетных средств, а затем в связи с дачей взятки и получением взятки организованной группой (соответственно, 285, 290 и 291 статьи Уголовного кодекса).
Проверка Счетной палаты завершилась 8 сентября, а уже через два с небольшим месяца, 16 ноября были арестованы (а не задержаны, что свидетельствовало о серьезности обвинений) директор ФОМС, трое его заместителей и главный бухгалтер, – практически все руководство Фонда. При этом в дистрибьюторских компаниях, являвшихся партнерами ФОМС по реализации программы дополнительного лекарственного обеспечения, одной из основных программ Зурабова на посту Министра здравоохранения и социального развития, были проведены обыски.
Принципиально важно, что директор ФОМСа Андрей Таранов был деловым партнером Зурабова и вместе с ним (а также со своим первым заместителем в ФОМС) входил в число учредителей компании «МАКС», в которой в 1994–1998 годах был заместителем Зурабова. По некоторым данным, назначение Таранова на пост главы ФОМС в 1998 году было пролонгировано Зурабовым, перешедшим тогда на госслужбу первым «профильным» заместителем Министра здравоохранения.
20 ноября, менее чем через неделю после ареста руководства ФОМС, депутаты Госдумы от «Единой России» потребовали от Зурабова взять отпуск на время расследования и предложили провести специальный «правительственный час» для обзора его деятельности. Однако уже через день фракция «Единой России» проголосовала за его перенос на весеннюю сессию – якобы из-за большой загруженности.
Руководство ФОМС было обвинено в вымогательстве взяток у фармацевтических компаний и региональных фондов обязательного медицинского страхования: они выделяли регионам деньги на лекарства и закупали лекарства у их продавцов только при условии крупных «откатов».
За доказанные взятки на общую сумму в 28 млн. руб. председатель ФОМС Таранов был в августе 2009 года осужден на 7 лет заключения в колонии строгого режима и штрафу в 1 млн. руб., его первый заместитель Яковлев – на 9 лет колонии строгого режима и штраф в 1 млн. руб., его заместитель Климова – на 9 лет колонии общего режима и штраф в 1 млн. руб., его заместитель Усенко – на 7 лет колонии строгого режима и штраф в 700 тыс. руб., его заместитель Шиляев – на 7 лет колонии строгого режима, начальники контрольно-ревизионного управления Марченко и финансово-экономического управления Фролова – на 4 года колонии общего режима, главный бухгалтер Быкова – на три года колонии общего режима.