Когда Греф стал Министром экономического развития и торговли, никогда не возражавшая ему Набиуллина стала его первым заместителем, – но вновь не удержалась.

В 2003 году в подготовленном ею проекте рутинной программы социально-экономического развития премьер Касьянов с изумлением обнаружил одностраничный раздел, предлагавший уничтожить аппарат правительства в его тогдашнем виде – как инструмента согласования позиций ведомств и контроля за ними в интересах правительства как целого. Указывалось, что министерства должны нести ответственность не перед аппаратом, а перед «всем обществом в целом», то есть ни перед кем.

Смыслом новации (частично реализованной в катастрофической административной реформе 2004 года, последствия которой аукаются нам по сей день) был выход министерств из-под контроля правительства и его превращение в конгломерат независимых ни от чего ведомств, творящих без связи друг с другом все, что взбредет им в голову.

Премьер в этой схеме лишался власти, и Касьянов среди других замечаний тактично указал на недопустимость этого, – после чего, доработав программу, Министерство оставило неприемлемый раздел без изменений.

Касьянов встретился с руководством мятежного ведомства – Грефом и готовившими проект программы Набиуллиной и Дворковичем. Он вновь обосновал свою позицию и вместо ожидавшихся возражений вновь получил заверения в лояльности и изъятии из проекта соответствующего раздела.

Когда в представленном в правительство третьем варианте программы он вновь сохранился в полной неприкосновенности, Набиуллина вторично с треском вылетела из органов исполнительной власти (уволить Грефа мог лишь президент).

Из-за вежливости Касьянова «волчий билет» ей вновь не был выписан, и она возглавила захиревший Центр стратегического развития. Сидела в нем тихо, внимания не привлекала, старательно выполняя «черную работу» для либерального клана.

Она могла стать автором грузинских реформ: когда после захвата Саакашвили власти Грузию посетили либералы во главе с Грефом, среди них была и Набиуллина. Они хотели вместе с Бендукидзе создать программу реформ, но, похоже, тот решил не делиться лаврами.

С 2005 года Набиуллина возглавляла экспертный Совет по реализации нацпроектов, с помпой провозглашенных Медведевым (наиболее запомнился проект «Доступное жилье», прозванный по его результату «Недоступное жулье», что не мешает Медведеву, – а вероятно, и Набиуллиной, – публично гордиться им до сих пор).

В 2007 году, когда Греф переместился в Сбербанк, Набиуллина по его совету (после прохождения программы госдепартамента США по обучению лидерству иностранных кадров) заняла его место.