Сразу после назначения Швыдкой принял участие в конфликте между коллективом Государственного симфонического оркестра и великим дирижером Светлановым, уволенным «за грубое нарушение должностных обязанностей». Министр официально заявил, что оркестр «нуждался в смене менеджмента».

Осенью 2000 года Минкультуры уволил руководство Большого театра, директором которого был назначен бывший коллега Швыдкого по телеканалу «Культура» Исканов.

В качестве Министра культуры Швыдкой проявил себя как убежденный, активный и последовательный сторонник реституции; в частности, он приложил огромные усилия для передачи Германии исключительно ценной (оценочная стоимость составляла 1,5 млрд. долл.) Бременской коллекции рисунков и почти добился этого; чудовищное преступление было сорвано буквально в последний момент.

При этом возврат культурных ценностей, утраченных в ходе войны нашей страной Швыдкого, насколько можно судить, не интересовал. Уже после него был подготовлен их заведомо неполный каталог, в который вошло 25 тыс. единиц; возвращено лишь 51 из них.

Важным достижением Швыдкого стало возвращение в Германию уникальных витражей Мариенкирхе XIV века. Ценность их такова, что немцы приняли закон, гарантирующий любому обеспечившему их возвращение лицу не только огромную денежную премию, но и право проживания в Германии. Интересно, воспользовался ли этой возможностью Швыдкой? Орден «За заслуги перед Германией» он получил лишь в 2010 году.

Оформленный в качестве «жеста доброй воли» возврат витражей стал возможен, так как запрет на реституцию не распространялся на собственность религиозных общин. Их реставрация обошлась Эрмитажу в 400 тыс. долл., но немцы оплатили лишь 300 тыс.

Разумеется, работа не отвлекала его от шоу-бизнеса. Беспрецедентный случай: в 2001 году действующий Министр стал вести авторское ток-шоу «Культурная революция», был участником и соведущим массы разнообразных программ. Насколько можно судить, это принесло ему хороший официальный доход.

После отставки Касьянова Швыдкой возглавил Агентство по культуре. Дело в том, что в результате административной реформы министерствам оставили лишь разработку политики, а деньги передали агентствам. Огромный авторитет и связи Швыдкого привели к тому, что возглавляемое им агентство стало едва ли не более влиятельным, чем формально руководящее им Министерство культуры.

Напряжение нарастало, и уже летом 2005 года Министр культуры публично обвинил подведомственное ему Агентство Швыдкого в коррупции «на всех этажах». Швыдкой через суд потребовал от Соколова публичных извинений, но вскоре отозвал свой иск, объяснив отступление тем, что министр «не обвинял конкретных должностных лиц и не предъявлял им конкретных претензий, а высказал общее оценочное суждение».