Культурно-образовательное сопротивление католичеству и униатству вели в городе Холм православное братство и церковные школы. Одним из первых православных братств в Польше было Щекаревское (Красноставское), добившееся в 1550 году от короля признания своей самостоятельности.

Провозглашение церковной унии на Брестском соборе 1596 года вызвало на Холмщине всеобщее отторжение, несмотря на то что среди инициаторов унии был Холмский епископ Дионисий Збируйский.

В 1599 году холмский воевода Андрей Уровецкий создал «конфедерацию» (объединение панов и шляхты) в защиту православной веры. Дело дошло до того, что мещане Холма в 1649 году отказались похоронить в городе грекокатолического епископа Мефодия Терлецкого, и католики были вынуждены забрать его в кафедральный костел в Красноставе. В 1621 году иерусалимским патриархом был поставлен православный епископ Холмский Паисий. Но действовать владыке пришлось чуть ли не подпольно. Униаты не пускали его в Холм, и Паисию пришлось жить на окраине своей епархии, в монастыре над Бугом. После смерти Паисия православное епископство в Холме не имело предстоятеля. В самом Холме свирепствовали униаты. Православный собор Холма был перестроен в 1638 году, при этом были выброшены и уничтожены многие православные реликвии. При соборе была открыта униатская семинария для дальнейшего распространения унии. Даже когда король разрешил вернуть православным ряд отобранных униатами у них церквей, то местные униаты воспротивились этому.

Разумеется, Холмщина горячо поддержала восстание Богдана Хмельницкого, и горожане сдали Холм казакам почти без боя. Но после многих сражений русско-польской войны 1654–1667 годов, когда граница была установлена по Днепру, самые западные русские земли, включая Холмщину, остались за Польшей. Насаждение унии, а вслед за ней «чистого» римского католицизма, после чего неизбежно следовала полонизация, приняло огромный масштаб. В 1690 году исчезло православное братство в городе Белз. В 1700 году в унию перешел львовский епископ Иосиф Шумлянский, после чего почти вся Львовщина (за исключением Манявского монастыря) перешла в унию. Холмщина окончательно стала униатской. Все высшие слои ополячились. Постепенно росло число католиков за счет перехода в латинство бывших униатов. Еще во второй половине XVII века Холмская православная епархия имела свыше 400 приходов, униатская епархия насчитывала свыше 300, а всего на Холмщине существовало 700 русских приходов. В 1749 году православных приходов уже не было, униаты имели лишь 285 приходов. Остальные перешли в латинство, до 1711 года все метрические записи жителей всех вероисповеданий велись на русском языке, но постепенно все метрические записи, включая регистрацию браков и рождений православных, переходят на польский и латынь[219].