Еще в 1839 году в западных российских губерниях была ликвидирована уния, и бывшие униаты вернулись в православие. Однако в польских губерниях униатство осталось. Таким образом, Холмская епархия оказалась единственной униатской епархией во всей Российской империи. (Униатство осталось также в Галиции, вошедшей в состав Австрийской империи, где сохранилось и до наших дней.)

Польские власти в условиях, когда униаты были уже в меньшинстве местного населения, а их обряд был приближен к латинскому, рьяно взялись за окончательную полонизацию Холмской

Руси. В XIX веке латинизация униатской церкви на Холмщине значительно усилилась. Почти повсеместно из храмов были устранены иконостасы, введены органы; ликвидированы некоторые древние восточные церковные праздники и введены латинские; проповеди все чаще велись по-польски. Все больше униаты становились неотличимыми от католиков. Все больше местный русский язык заменялся польским даже в быту. Холмская Русь все менее оставалась Русью. Переход униатов в римский католицизм стал массовым явлением. Исчезли все униатские приходы в Красном Ставе (Красныставе), в оставшихся городах и сельской местности униатство влачило жалкое существование. Смешанные браки, которых было много в этнически смешанном крае, также сокращали число холмских русинов. Так, русинка Эмилия Качоровская, выйдя замуж за поляка Кароля Войтылу, стала матерью будущего папы римского Иоанна Павла II, которого в миру звали Каролем Войтылой-младшим.

Количество униатов в XIX веке практически не увеличивалось, несмотря на высокий естественный прирост – переход в католичество «съедал» практически прирост. А православия не было уже полтора века. То, к чему упорно стремились на протяжении нескольких веков католическая церковь и польские магнаты, стало торжествовать, по горькой иронии судьбы, в период, когда край находился под скипетром российского императора.

После польского восстания 1863 года российское правительство осознало угрозу полной полонизации населения Холмщины и решило ликвидировать униатскую церковь и освободить верующих от польского влияния. Оптимизм в правительственных мероприятиях усиливало то обстоятельство, что среди части униатов были тенденции тяготения к православию. Среди сторонников возвращения в православие был видный униатский деятель, уроженец австрийской Галиции Маркелл Попель. Он переселился в Россию и с 1871 года возглавлял Холмскую епархию. 18 февраля 1875 года по инициативе Попеля духовенство консистории и Холмского кафедрального собора постановило составить акт о воссоединении Холмской грекоуниатской епархии с православной церковью. 260 тыс. холмских униатов вернулись в православие.