Два месяца спустя Джафар Нимейри был свергнут военными. Сотрудники ливийской разведки поспешили в Судан, чтобы найти агентов Моссада, которые все еще находились в Хартуме. Трое оставшихся агентов были обнаружены ливийцами и в последний момент смогли укрыться в доме агента ЦРУ. Американец спрятал израильтян в своем доме и позже в ящиках доставил их в столицу Кении Найроби. Давид Молад, который был одним из старших офицеров Моссада в Судане, смог незаметно покинуть страну. Спасение эфиопских евреев станет одной из его последних операций перед уходом из Моссада.

Во время операций «Моисей» и «Царица Савская» американо-израильское сотрудничество было идеальным, почти идиллическим. К сожалению, вскоре после этих событий Вашингтон был потрясен делом Полларда: еврейский сотрудник американских спецслужб Джонатан Поллард был арестован за шпионаж в пользу Израиля. Правительство США было ошеломлено и разъярено; руководители ЦРУ чувствовали себя преданными союзником, которому они помогли и который отплатил им тем, что шпионил за ними.

Израильское правительство принесло глубокие извинения и вернуло Соединенным Штатам документы, украденные Поллардом. Отношениям между израильскими и американскими спецслужбами был нанесен серьезный удар. Одним из кураторов Полларда оказался не кто иной, как Рафи Эйтан, легендарный агент Моссада, который в это время возглавлял малоизвестную разведывательную организацию в Министерстве обороны. Организация «Лакам» (Бюро по научным связям) сразу же была распущена, а в Вашингтоне против Эйтана было начало судебное дело. И по сей день он не может посещать Соединенные Штаты, опасаясь ареста.

Многие эфиопские евреи резко критиковали операцию «Моисей», во время которой погибло около четырех тысяч человек. То, как подразделение «Бицур» планировало и проводило эту операцию, категорически не одобряли и в самом Моссаде, в частности сотрудники «Кесарии», в то время возглавлявшейся Шатаем Шавитом. Шавит и его люди утверждали, что «Бицур» был второстепенным отделом, плохо оснащенным для проведения операции такого масштаба. Сотрудники «Бицура» настаивали на том, что операция удалась именно благодаря тому, что имела спонтанный и импровизированный характер. Они также отметили, что привлекали для осуществления различных этапов операции «Моисей» лучших агентов Моссада.

Внутренние конфликты не могли изменить того факта, что тысячи евреев вернулись на Землю Израиля. И все же даже после завершения операции «Моисей» и операции «Царица Савская» тысячи евреев оставались в Эфиопии. Они тоже хотели иммигрировать в Израиль, но ворота были закрыты. В Израиле считали, что их нужно обязательно доставить в страну, не только по идеологическим и сионистским, но и по гуманистическим соображениям: многие семьи были разлучены, дети приехали в Израиль без родителей, родители без детей, мужья без жен… Это разделение вызвало ужасные проблемы с абсорбцией — и множество личных трагедий, таких как самоубийства молодых людей, которые не могли справиться с новой реальностью без поддержки своих семей. Эмиссары еврейского агентства собрали тысячи евреев в лагерях беженцев вокруг столицы Эфиопии Аддис-Абебы, и эфиопские евреи продолжали молиться о чуде, которое привело бы их в Землю Израиля.