В 1990-е годы в «Азад Кашмире» (пакистанской части Кашмира) пакистанские спецслужбы создали ряд лагерей для подготовки кашмирских боевиков, которые потом переправлялись через «линию контроля» (ЛК) в индийский Кашмир. Кашмирскую долину наводнили наемники из арабских стран и Афганистана. По данным индийских сил безопасности, с 1990 по 1999 гг. в индийском Кашмире было уничтожено 8.253 боевика и захвачено 23.357 единиц оружия¹⁶⁹. К 2002 году итоги мятежа в Кашмире были такие: с 1989 до 2002 гг. погибло от 40.000 (по индийским официальным данным) до 80.000 человек (по данным оппозиции), в том числе 15.937 боевиков (включая иностранных наемников, в том числе около 3 тысяч убитых на территории Пакистана в результате обстрелов, точечных ракетных ударов, авианалетов), более 4.600 служащих индийских сил безопасности и около 13.500 мирных жителей¹⁷⁰.

Недолгая разрядка наступила в 1999 году, после встречи в Лахоре премьер-министров Индии и Пакистана и подписания Лахорской декларации¹⁷¹. В феврале того же года была открыта международная автобусная линия, связавшая пакистанский город Лахор с Дели. Но эта разрядка закончилась через пару месяцев неудачным военным вторжением Пакистанской армии в индийский Кашмир в высокогорном секторе Каргил (в мае – июле 1999 г.). Это вторжение осталось в истории как «Каргильский конфликт», хотя иногда его называют «Четвертой индо-пакистанской войной» в Кашмире.

В начале XXI века Южная Азия продолжает оставаться одним из очагов напряженности. Противостояние 2001–2002 гг. между Индией и Пакистаном едва не привело к новой войне. Началось все с нападения боевиков из группировки «Джаиш-э-Мохаммад» на парламент штата Джамму и Кашмир 1 октября 2001 года, а спустя два месяца боевики из той же группировки напали на индийский парламент в Дели (13 декабря 2001 г.). В ответ Индия начала развертывание войск вдоль пакистанской границы и ЛК в Кашмире, включая и баллистические ракеты. Пакистан ответил тем же. С мая по август 2002 года произошло несколько обстрелов и бомбардировок на линии контроля. Весь мир опасался, как и в 1999 году, что одна из сторон может применить ядерное оружие.

2003–2013 годы характеризовались относительной разрядкой напряженности в индо-пакистанских отношениях. В ноябре 2003 года власти Индии и Пакистана заключили Соглашение о перемирии. Пакистан объявил о прекращении помощи кашмирским мятежникам с 2004 года, так как кашмирские террористические группировки уже как минимум дважды покушались на жизнь пакистанского президента Первеза Мушаррафа¹⁷². Его преемник, Асиф Али Зардари, продолжил эту политику. Пакистанские власти впервые в истории начали называть кашмирских боевиков «террористами»¹⁷³, несмотря на то, что все эти группировки некогда были созданы при поддержке пакистанских спецслужб.