Выполнение боевых операций осуществлялось по стандартному сценарию. С этой целью создавалась группировка коалиционных войск (сил), включающая несколько разведывательно-диверсионных групп из состава ССО США и их союзников. Кроме этого, формировался штурмовой отряд в составе подразделений сил общего назначения (до батальона), а также от двух и более батальонов афганских правительственных войск, с каждым из которых действовали отряды «Альфа» из состава ССО США. Для блокирования района проведения операции привлекалось несколько рот из состава афганских войск, группа огневой поддержки и подразделения вертолетов коалиции. До начала операции проводилась специальная разведка и блокирование возможных путей отхода незаконных вооруженных формирований и подхода к ним подкрепления.
С началом операции штурмовой отряд проводил «прочесывание» местности для локализации сил противника или вытеснения его из укрытий в направлении засад и огневых «мешков». Уничтожение боевиков осуществлялось ракетно-бомбовыми ударами авиации, затем действиями подразделений штурмового отряда при поддержке группы боевого обеспечения. При подготовке боевой специальной операции командованием ССО особое внимание уделялось организации управления, взаимодействия и всестороннего обеспечения всех сил, принимающих в ней участие.
Результаты анализа применения ССО в Афганистане и Ираке показывают повышение оперативности действий и количества привлекаемых подразделений, что позволило повысить эффективность решения стоящих перед ними задач. Результаты анализа применения ССО в Афганистане и Ираке показывают повышение оперативности действий и количества привлекаемых подразделений, что позволило повысить эффективность решения стоящих перед ними задач.
Наиболее крупной боевой операцией считается операция по уничтожению боевиков в долине Шахикот и горах Арма в провинции Пактия. В результате важная стратегическая территория была взята под контроль войск коалиции. Вместе с тем из-за просчетов в организации разведки серьезные недостатки были отмечены в подготовке и проведении другой операции — «Анаконда». По оценкам западных экспертов, произошла утечка информации, моджахеды были обеспечены приборами ночного видения, что позволило им подбить вертолет MH-47 в темное время суток. Подразделения спецназа понесли большие потери, цель операции не была достигнута.
На территории Афганистана проводились и небоевые операции, в том числе информационно-психологического воздействия, а также по подготовке афганских войск.
По оценке американских военных специалистов, в Афганистане была впервые достигнута высокая интенсивность применения ССО, которые играли решающую роль в борьбе с незаконными вооруженными формированиями. Впервые подразделения ССО действовали совместно со специальными формированиями ЦРУ. Отмечается главное — это переориентация задач силам общего назначения на борьбу с незаконными вооруженными формированиями и частичное выполнение ими традиционных для ССО задач.