Подполковнику Тизенгаузену было в тот же день преподано следующее весьма секретное наставление:

«По Высочайшему повелению предписываю Вашему Высокоблагородию сего же числа в 8 часов вечера явиться к г. коменданту С.-Петербургской крепости, который передаст вам преступника Михаила Бакунина для доставления его в Шлиссельбургскую крепость. Как Бакунин есть один из важнейших арестантов, то к Вам назначаются из С.-Петербургского жандармского дивизиона самые благонадежные унтер-офицер и двое рядовых. По принятии Бакунина обязываетесь сами Вы поместиться с ним в крытом возке, посадив с ямщиком одного из рядовых, а унтер-офицер и другой рядовой должны ехать вслед за вами, тотчас отправившись из С.-Петербурга, Вы и нижние жандармские чины обязываетесь во время пути иметь бдительнейшее и строжайшее наблюдение за Бакуниным, не выпускать его из возка ни по какой надобности и на станции, во время перемены лошадей, поставить по обеим сторонам возка по жандарму, так чтобы во все продолжение пути никто не видел вверенного Вам арестанта, по прибытии в Шлиссельбург, обязаны Вы немедленно и самым осторожным образом сдать Бакунина г. коменданту. Исполнив же все это, имеете Вы с жандармскими нижними чинами возвратиться в С.-Петербург и донести мне о последующем».

В 9 часов вечера 11 марта Бакунин был передан подполковнику Тизенгаузену и благополучно доставлен им 12 марта коменданту Шлиссельбургской крепости. Тизенгаузен получил и представил в III Отделение квитанцию за № 12: «Дана сия от коменданта Шлиссельбургской крепости, корпуса жандармов господину подполковнику Тизенгаузену в том, что доставленный им во вверенную крепость арестант Бакунин мною от него принят, равно и вещи, при нем находящиеся, также и конверт за № 487 от господина подполковника Тизенгаузена мною получены, в чем и свидетельствую подписом с приложением казенной печати крепости Шлиссельбург. Марта 12 дня 1854 года. Комендант Шлиссельбургской крепости генерал-майор Троцкий». Конечно, тотчас же комендант рапортовал графу Орлову о том, что Бакунин доставлен и согласно повелению его сиятельства содержим будет.

Предстояло установить режим для столь исключительного преступника. Генерал Дубельт 13 марта запросил коменданта Петропавловской крепости, какое содержание получал Бакунин и какие книги и журналы были дозволены ему для чтения, и в ответ получил, что «содержавшемуся в доме Алексеевского равелина Бакунину производилось на пищу 18 коп. серебром в сутки и давались для чтения книги: французские и немецкие романы, математические, физические, геологические и газета «Русский инвалид». Представляя сообщение коменданта генералу Дубельту, канцелярия снабдила его справкой: «В Шлиссельбурге положено также по 18 коп., но Лукасинскому, Налепинскому, Адельту и Медоксу по особому разрешению его сиятельства производится на содержание их по 30 коп.». 18 марта III Отделение сообщило шлиссельбургскому коменданту о том, что он должен отпускать Бакунину по 30 коп. в сутки и может дозволить ему читать все то, что он читал в Алексеевском равелине.