В дальнейшем, как гласят документы, преследование Аничкова продолжил архиепископ московский Амвросий (уже упоминавшийся нами „усовершенст-вователь" А. Попа). В „Доношении" Синоду от 10 сентября 1769 года Амвросий писал, что до его сведения дошло „производимого в профессоры магистра Дмитрия Аничкова соблазнительное и вредное сочинение под заглавием „Разсуждение из натуральной богословии о начале и происшествии натурального богопочитания", которое должно быть рассмотрено духовными властями.

Мотивируя это требование, Амвросий указывал, что автор книги „1) явно восстает противу всего христианства, богопроповедничества и оогослужения; 2) опровергает Священное писание, и в нем богознамения и чудеса, тако ж рай, и ад, и дьяволов, соравняя их хит-роковарным образом с натуральными или небылыми вещьми, а Моисея, Сампсона и Давида - с языческими богами; 3) во утверждение того атеистического мнения приводит безбожного Епикурова последователя Люкреция да всескверного Петрония; 4) положения под нумерами… совсем натуральной и откровенной богословии противны". В доказательство „безбожия" и „невежества" Аничкова архиепископ ссылается на „весьма благоразумную и благочестивую" речь профессора Рейхеля.

Во избежание повторения подобных изданий в университете, Амвросий просил „как о истреблении сего безбожного сочинения, купно же и о пастырском сочинителя запрещении". Инквизиционные требования были незамедлительно поддержаны Синодом, определившим дело Аничкова как важное и срочное. Уже 9 ноября Синод вынес „Определение" о приведении сочинителя „в чувствие своея погрешности" и вынесении предостережения университетским властям. Пользуясь случаем, Синод еще раз указывал всем типографиям на пункты законов об обязательном предоставлении духовной цензуре всего, что каким-либо образом касается религии.

Как ни странно, главным препятствием к проведению синодального решения в жизнь оказалась твердая позиция обер-прокурора Синода бригадира П. П. Чебышева. Он воспротивился тому, чтобы „Определение" по делу Аничкова было передано в Сенат. После трехнедельных колебаний члены Синода все же скрепили „Определение" своими подписями. В ответ разгневанный Чебышев написал „Предложение", утверждая, что во втором издании книги Аничкова вообще нет ничего предосудительного, прозрачно намекая, что она прочитана в верхах. Обер-прокурор язвительно замечал, что в сочинениях духовенства обвинения против Аничкова ничем не аргументированы и потому „упоминаемого магистра Аничкова по требованию Святейшего синода в чувство приводить будет не можно".