Понятно беспокойство П. И. Мельникова-Печерско-го (редактора газеты „Русский дневник"), писавшего в 1858 году историку М. П. Погодину: „Попов боюсь. Впрочем, употреблю все средства, чтобы в духовную цензуру не пошло. А ведь эти господа… делают такие пакости, каких не видано и не слыхано". Мельников-Печерский забыл о том, насколько взаимосвязаны ведомства Российской империи: его отзыв о духовной цензуре был прочитан почтовым ведомством и записан в III Отделении.

В 1866 году редактор „Дела" Г. Е. Благосветлов писал русскому врачу, революционеру и публицисту Павлу Якоби: „Пока давящая сила не ослабнет, пишите серьезные статьи по естественным наукам, но только не касайтесь религии. Пока это строго запретный плод". Письмо, разумеется, оказалось в том же Секретном архиве III Отделения [21]. К тому же довольно благонамеренный Благосветлов ошибался - печатать научные труды было также затруднительно, причем чем далее, тем хуже. Преследовались русские ученые К. Ф. Рулье, Т. Н. Грановский и многие другие (неприятности с цензурой имели даже Мечников, Менделеев и Тимирязев). Труды немецкого естествоиспытателя Эрнеста Геккеля запрещались в России в 1873, 1879 и 1902 годах (последние два раза они были сожжены). В 1886 году по настоянию духовной цензуры была запрещена книга известного французского астронома К. Фламмариона, а в 1893 году в списки запрещенных книг попала „Автобиография Земли" выдающегося ученого Г. Н. Гетчинсона. Преследовались книги Чарлза Дарвина, запрещались также сочинения о нем.

Цензурные „приключения" сочинений М. Е. Салтыкова-Щедрина могли бы составить целую повесть. Духовная цензура „растерзала" весь шестой том сочинений Н. С. Лескова, в довершение всего уничтожив тираж книги. „Подлое самочинство и самовластие со стороны всякого прохвоста" увидел в этом деянии автор, крайне нелестно отзывавшийся о „попах толстопузых". А при попытке издания сочинений А. И. Герцена в 1893 году из 4 тысяч страниц цензура вымарала более 3 тысяч! „Не везло", впрочем, и Гл. Успенскому, и Некрасову, и Короленко, и Шевченко, и Чехову, и многим другим отечественным писателям, а из иностранцев - Г. Флоберу, Э. Золя, А. Франсу, Г. Гейне, А. Барбюсу… Не забывала духовная цензура и старые произведения: чиркала Ломоносова, многократно запрещала и уничтожала труды Вольтера, Дидро, Гоббса. Гельвеция - костры из их книг горели и в конце XIX века! „Путешествие" Радищева по требованию духовной цензуры „удостоилось" сожжения в 1903 году.

Наконец, следует подчеркнуть, что от цензурных и иных преследований не были избавлены старообрядцы и даже вполне ортодоксальные церковные писатели. Например, труды профессора Московской духовной академии Н. Ф. Каптерева были подвергнуты „урезанию", а затем и полному запрещению. Под гнетом духовного ведомства русская православная церковь все более и более сдавала свои общественные позиции.