Особое озлобление духовного ведомства было связано с выходом в 1899 году романа „Воскресение". Несмотря на многочисленные цензурные исправления и изъятия, роман сохранял колоссальную обличительную силу. Помимо прочего, под именем Топорова Толстой вывел в романе обер-прокурора Синода Победоносцева. Он, по словам писателя, „как и все люди, лишенные основного религиозного чувства, сознанья равенства и братства людей, был вполне уверен, что народ состоит из существ совершенно других, чем он сам, и что для народа необходимо нужно то, без чего он очень хорошо может обходиться. Сам он в глубине души ни во что не верил и находил такое состояние очень удобным и приятным, но боялся, как бы народ не пришел в такое же состояние, и считал, как он говорил, священной своей обязанностью спасать от этого народ.
Так же, как в одной поваренной книге говорится, что раки любят, чтобы их варили живыми, он вполне был убежден, и не в переносном смысле, как это выражение понималось в поваренной книге, а в прямом, - думал и говорил, что народ любит быть суеверным.
Он относился к поддерживаемой им религии так, как относится куровод к падали, которою он кормит своих кур: падаль очень неприятна, но куры любят и едят ее, и потому их надо кормить падалью" [26].
В декабре 1900 года Л. Н. Толстой так охарактеризовал обер-прокурора Синода в письме к императору Николаю II: „Из всех этих преступных дел самые гадкие и возмущающие душу всякого честного человека, это дела, творимые отвратительным, бессердечным, бессовестным советчиком вашим по религиозным делам, злодеем, имя которого, как образцового злодея, перейдет в историю - Победоносцевым".
К. П. Победоносцев (1827 - 1907), чья неукротимая „охранительная" деятельность усугубила глубокий кризис русской православной церкви и привела, по словам Г. Флоровского, к „отступлению Церкви из культуры" [27], решился наконец на шаг, ставший подлинным символом этого „отступления". Считается, что инициатива отлучения Толстого исходила от митрополита Антония, ставшего в 1900 году первоприсутствующим членом Синода. Есть, однако, обстоятельства, заставляющие сомневаться в этом.
Антония характеризуют как человека безвольного, о котором сам Победоносцев говорил в досаде: „Кто нашего митрополита, как метлу, в руки возьмет, тот и метет". Первоначальный текст синодального послания об отлучении писателя был написан лично обер-прокурором, причем, по воспоминаниям участника событий, Синод, посвятивший обсуждению текста целых два заседания, занимался в основном смягчением тона послания. По-видимому, Антоний, „совершенно неожиданно и в настойчивой форме" потребовавший отлучения Толстого (как вспоминал служащий Синода В. Скворцов), выступил на этот раз в роли „метлы" в руках Победоносцева.