После подавления восстания он бежал и некоторое время находился на службе в иракской армии. Теперь, в 1936 г., решив выступить в роли арабского Гарибальди, Каукджи взялся за организацию палестинского восстания. Когда началась гражданская война, ему едва перевалило за сорок. Это был невысокий светловолосый человек, открыто подражавший своему кумиру Адольфу Гитлеру. Летом 1936 г. Каукджи организовал военную подготовку арабских националистов и создал объединенное командование разрозненными силами повстанцев. Он же наладил контрабанду оружия из стран Оси. Его партизанская тактика была довольно проста: заключалась она в ночных набегах на еврейские поселения, уничтожении посевов и скота и в убийствах жителей.

Муфтий сделал ставку на вооруженное восстание за неимением лучшего решения — в результате забастовки палестинские арабы оказались в тяжелом положении, из которого требовалось найти выход. Прошло почти полгода с тех пор, как они прекратили работать, и даже ресурсы среднего класса истощились. Верховному комитету нужно было найти предлог, чтобы без ущерба Для своего авторитета прекратить забастовку. На помощь пришли мандатные власти. Сначала они обратились с просьбой о посредничестве к трансиорданскому эмиру Абдаллаху. К сожалению, в глазах муфтия хашимитский владыка был скомпрометирован своей зависимостью от англичан и дружескими связями с сионистами. Сторонники муфтия уже несколько раз организовывали на него покушения. Тогда англичане решили обратиться к иракскому правительству. Это дало некоторые результаты. Министр иностранных дел Ирака Нури ас-Сайд в конце июля 1936 г. приехал в Иерусалим и убедил членов Верховного арабского комитета вступить в переговоры с мандатными властями. На их решение повлияло и то, что Уокоп намекнул на возможность применения военной силы со стороны Великобритании. Это была не пустая угроза. В то время в Палестине было размещено 20 тыс. английских солдат, и еще 10 тыс. должны были прибыть в скором времени.

Чтобы подсластить пилюлю, верховный комиссар объявил, что после прекращения восстания и забастовки в Палестину прибудет из Англии для расследования комиссия, и Верховный арабский комитет сможет представить свои жалобы на рассмотрение в соответствующие инстанции. Эта информация была передана муфтию правителями соседних арабских стран, которые убеждали его довериться “доброй воле дружественного британского правительства, которое заявляет о своем стремлении к справедливости”. Предложение было принято. 11 октября Верховный арабский комитет призвал к прекращению забастовки. На следующий день арабы приступили к работе. Отрядам повстанцев, к тому времени основательно потрепанным англичанами, было разрешено беспрепятственно покинуть Палестину. Фаузи аль-Каукджи отбыл в Трансиорданию. С организованными действиями террористов было покончено. За время восстания в Палестине число пострадавших достигло 1300 человек. Было убито 197 арабов, 80 евреев и 28 английских солдат. Убытки палестинских налогоплательщиков от беспорядков, продолжавшихся полгода, составили почти 6 млн фунтов.