Атаки “Хизбаллы” на израильские аванпосты на юге Ливана, повторяющиеся с пугающей регулярностью, также были связаны с состоянием израильско-сирийских отношений. Боевики “Хизбаллы” проходили подготовку и получали оружие в Иране, однако их переправка в Ливан и поставки оружия осуществлялись через сирийскую территорию и места дислокации сирийских войск в Ливане. Барак надеялся в рамках всеобъемлющего мирного договора с Сирией положить конец этим контактам. Но когда, после провала конференции в Шепердстауне, стала очевидной необоснованность этих надежд, израильтяне поняли, что нельзя и дальше откладывать отвод войск с ливанской территории. По возвращении в Иерусалим Барак дал указание Министерству обороны изменить порядок вывода войск из Ливана — если раньше намечался поэтапный отвод, то теперь процесс должен был начаться в мае и завершиться не позднее начала июля. Определенные премьер-министром временные рамки были скрупулезно соблюдены. Передислокация артиллерийских частей началась 3 мая 2000 г., одновременно с этим были подорваны фортификационные сооружения и прочие объекты, а танки были отведены на позиции в полумиле к северу от израильской границы. При этом израильтяне дали разрешение бойцам так называемой Армии Южного Ливана, бывшей христианской милиции, численностью 2800 человек, которые опасались возможных репрессий со стороны “Хизбаллы”, эвакуироваться на север Израиля и поселиться там вместе со своими семьями. К утру 25 мая последние израильские танки вышли из ливанской зоны безопасности, а 17 июня Генеральный секретарь ООН Кофи Аннан на заседании Совета Безопасности ООН официально подтвердил факт отвода израильских войск.

Отвод войск не только положил конец гибели израильских солдат, но также обеспечил и определенные дипломатические преимущества. Сирийское правительство было застигнуто врасплох таким решением. Президент Асад рассчитывал использовать вопрос о выводе израильских войск в качестве козырной карты при переговорах о будущем Голанских высот — а теперь выяснилось, что он опоздал со своими планами. Впрочем, Израиль не успел воспользоваться полученными “преимуществами”: 10 июня 2000 г. президент Асад скоропостижно скончался от сердечного приступа. В результате “выборов”, прошедших в правящей партии Баас, пост президента Сирии унаследовал его сын, тридцатичетырехлетний Башар, врач по специальности, — который явно не обладал отцовскими влиянием и авторитетом, необходимыми для продолжения переговоров с израильтянами. Кроме того, случилось то, чего опасались как сторонники, так и критики Барака: боевики “Хизбаллы” немедленно проникли в оставленные израильтянами районы, где они принялись устраивать победные шествия, демонстративно провозглашая себя фактическими правителями Южного Ливана. Эта атмосфера триумфа произвела соответствующее впечатление и на “Хамас”, и на руководство “Хизбаллы”, и — что особо важно — на Ясира Арафата.