Накопленный в боевых действиях опыт, а также выявленные недостатки были учтены при создании в 1943–1944 гг. новой серии сверхмалых подводных лодок из 12 единиц. Шесть из них, имевших наименование "Х20 — "Х25", не отличались по конструкции и общему расположению от подводных лодок предыдущих серий и использовались в боевых операциях, а остальные шесть лодок "ХТ1 — "ХТ6" использовались только для подготовки экипажей.

Необходимость создания специальных тренировочных подводных лодок была обусловлена тем, что большинство подготавливаемых членов экипажей, в том числе и командиры, не только впервые имели дело с подводной лодкой и ее оборудованием, но и часто впервые попадали на море. Полезный объем прочного корпуса на лодках "ХТ1 — "ХТ6" удалось увеличить за счет отказа от устройства для подъема перископа, поворота шахты РДП, коек экипажа, что позволило принимать на борт одного-двух инструкторов. Для обеспечения безопасности обучающихся на палубе надстройки этих лодок имелось постоянное леерное ограждение.

Строительство новой серии сверхмалых подводных лодок из 12 единиц ("ХЕ1 — "ХЕ12"), предназначенных для действий на Тихом океане, было закончено в ноябре 1944 г. Их особенностями являлись наличие улучшенного навигационного комплекса, радио — и телефонной связи, кондиционирования воздуха и некоторые другие улучшения.

Первые два отсека по их насыщению и объему остались практически такими же, как и на лодках предыдущих серий, за исключением установки на кормовой переборке второго отсека иллюминатора для наблюдения за членами экипажа, проходящими шлюзование.

В третьем отсеке размещался центральный пост управления лодкой. Для высвобождения объема внутри прочного корпуса некоторые контрольные и измерительные приборы были малогабаритными (авиационными). На подволоке отсека был установлен иллюминатор для визуального контроля момента прохода подводной лодки под днищем атакуемого корабля.

В четвертом отсеке размещались дизель, гребной электродвигатель, компрессор воздуха высокого давления, установка кондиционирования воздуха, баллоны с воздухом высокого давления, а в кормовом обтекателе прочного корпуса — дифферентная цистерна. В носовой оконечности располагались цистерна главного балласта N 1, буксирное и швартовное устройства. Проницаемая надстройка имела в поперечном сечении прямоугольную форму. Палуба была с небольшими скатами в носу и в корме. Для облегчения прохода через сетевые заграждения палуба лодки была гладкой, а все устройства выполнены заваливающимися и расположены по бортам надстройки.