• Он призвал ЦРУ к повиновению и передал большую часть его полномочий «Объединённому комитету начальников штабов», издав меморандумы о действиях по обеспечению национальной безопасности № 55, 56 и 57, которые повергли Джеймса Джизеса Энглтона и братьев Даллес в отчаяние и даже, по словам одного из сотрудников Энглтона, в состояние, граничащее с паникой.
• Он продемонстрировал намерение добиться улучшения взаимоотношений с СССР и подписал с Москвой «Договор о запрете ядерных испытаний».
• Он выразил стремление прекратить т. н. «холодную войну».
• Он принял закон, который перекрыл основные налоговые лазейки для крупных нефтяных компаний и крупных транснациональных корпораций.
• Он выдворил из США Натана Голдмана и Мейера Лански и высказал пожелание, чтобы директор ФБР Дж. Эдгар Гувер «отправлялся следом за ними».
Когда же Гувер, о котором было известно, что он гомосексуалист, не двинулся с места, Роберт Кеннеди принялся ходить по своему кабинету, держа на поводке свирепую восточноевропейскую овчарку и громко причитая: «Боже, как я ненавижу голубых!» Братья Кеннеди были, несомненно, ревностными католиками, и личная жизнь Гувера и его сожителя Клайда Толсона (Clyde Tolson) их оскорбляла. Тайное параллельное правительство высшего уровня, восседающее в Вашингтоне, было потрясено также тем, что Кеннеди открыто выразил своё отвращение к правительственным тайнам. 27 апреля 1961 года он сказал группе издателей газет:
Реакция на эти действия Кеннеди последовала незамедлительно, и, как мы знаем, она была жестокой и в высшей степени явственной. Мои знакомые из разведки рассказывали мне, что дополнительный «бонус» предоставил заговорщикам губернатор Техаса Джон Коннелли, и, может быть, поэтому в качестве места публичной «смертной казни» президента был избран Даллас. Коннелли долгое время настаивал на проведении более справедливой политики по отношению к арабскому миру.