В начале 1941 года генерал-майор Трухин был назначен в штаб Прибалтийского особого военного округа, преобразованного с началом войны в Северо-Западный фронт. 27 июня, когда он направлялся в Двинск, его автомобиль обстреляла немецкая бронемашина. Его адъютант и охранник были убиты, водитель ранен. Трухин сдался.

В плену сразу заявил, что он противник Сталина, и вступил в небольшую организацию таких же, как он, перебежчиков, которая именовала себя «Русской трудовой народной партией». — В эту партию вошли попавшие в плен генерал-майор Евгений Арсеньевич Егоров, командир 4-го стрелкового корпуса, генерал-майор Ефим Сергеевич Зыбин, командир 36-й кавалерийской дивизии…

Трухина использовали в роли русского коменданта одного из лагерей для военнопленных. В мае 1942 года он подал немецкому начальству докладную записку:

«Для того чтобы возможно более ослабить сопротивление Красной армии и выбить у большевиков их козырь о якобы «защите отечества», считаю целесообразным возможно скорейшее появление на фронте в боях против Красной армии частей, составленных из русских, бьющихся рука об руку с германскими войсками и войсками остальных народов Европы против большевизма…

Окончательная ликвидация большевизма, занятие территории восточнее Урала, уничтожение коммунистических банд, оставляемых в лесах, опирающихся на подпольные парторганизации, — все это неизбежно потребует создания русских национальных частей…»

Трухина перевели в отдел пропаганды особого назначения. Он стал начальником курсов для пропагандистов в Дабендорфе. В ноябре 1944 года Трухин возглавил штаб вооруженных сил Комитета освобождения народов России. Зимой 1945 гола Власов поручил ему формирование дивизий РОА.

В лагере для военнопленных Вустрау на генерала Трухина обратили внимание вербовщики НТС, и он быстро вошел в руководство солидаристов, стал членом совета организации.

Федор Трухин предложил немцам сформировать Русскую трудовую народную партию. Себя он прочил в начальники военного отдела Центрального комитета Русской трудовой народной партии. Вот так он описывал свои будущие обязанности:

«Разработка мероприятий по формированию воинских отрядов команд особого назначения для действий в тылу Красной армии и войсковых соединений для действий по решению германского командования — или в оккупированных Германией областях Западной Европы, Балкан или на территории бывшего СССР, или для боевых действий против Англии, или, наконец, для решения основной задачи борьбы с Красной армией…

Для ускорения разложения Красной армии и ее разгрома целесообразно выбросить в ее тыл отдельные группы из военнопленных для проведения политработы, диверсионных актов на железных дорогах, складах, нападений на штабы и пр., с целью нарушения подвоза и управления».