К этому времени органы государственной безопасности уже смогли организовать наблюдение за агентурой спецслужб Японии. На учет брались все советские граждане, имевшие подозрительные связи на Дальнем Востоке и в Маньчжурии. В разработку брались и отдельные японцы, проживавшие в СССР. Проводились мероприятия по укреплению государственной границы, в связи с чем количество задержанных шпионов возросло.

Однако количество завербованных советских граждан японцами в период оккупации Дальнего Востока было значительно. Несмотря на то что советскими органами безопасности велась борьба со шпионско-диверсионными организациями на многих направлениях, ОГПУ явно не хватало сил для ведения эффективной контрразведывательной деятельности.

Масштаб подозреваемых в нелояльном отношении к советской власти был велик. В связи с этим преступили к уже не раз опробованному способу зачистки границы. Вначале стали проводить выселение иностранных граждан с территории ДВК. Затем депортировали граждан СССР – корейцев, причем для придания этому мероприятию какого-то обоснования был сфабрикован краевой корейский повстанческий центр, который якобы готовил вооруженное восстание с целью отторжения ДВК от СССР. Позже репрессировали харбинцев (бывших служащих КВЖД и реэмигрантов из Маньчжоу-Го), которые еще не были своими, но уже и не были иностранцами. Таким образом, перед войной Дальний Восток был зачищен.

Япония в это время в Маньчжурии на границах с СССР построила 15 укрепленных районов, протяженностью свыше 700 километров. Сосредоточение там крупных военных сил указывало на скорые наступательные операции японской армии по захвату ДВК. Происходит и активизация деятельности спецслужб Японии.

В это время органы НКВД-МГБ на Дальнем Востоке работают в постоянном ожидании военных действий со стороны Японии.

Однако война сложилась не по тому сценарию, который был запланирован правительством Японии. После окончания Великой Отечественной войны японцы делают все возможное, чтобы сохранить нейтралитет с Советским Союзом, но осуществить это не удалось.

Перед началом военных действий с милитаристской Японией органы НКГБ приняли меры по очистке тыла Красной армии и обеспечения нормальной работы промышленности, транспорта и сельского хозяйства от шпионских, диверсионных, террористических, повстанческих и иных враждебных элементов.

После начала войны органами «Смерш» были организованы и направлены на территорию Маньчжурии, Кореи и Южного Сахалина оперативные группы. В результате проведенных мероприятий по разгрому подрывной деятельности агентуры противника этими группами были арестованы официальные сотрудники и агенты японских военных миссий, сотрудники японской жандармерии и полиции, изменники Родины, руководители БРЭМ и других контрреволюционных белоэмигрантских организаций. Захвачены документы ЯВМ со списками агентуры, сотрудников миссии и полиции, а также архивы с ценными разведывательными документами. Было задержано и профильтровано огромное количество подозрительных лиц. В результате этой работы было арестовано 7810 сотрудников и агентов японской разведки и других вражеских элементов.