В ходе войны органам госбезопасности пришлось противостоять германским спецслужбам, одними из сильнейших среди аналогичных структур изучаемого периода. Ими широко внедрялась в партизанские формирования хорошо подготовленная разведывательно-диверсионная агентура, выявление которой стало одной из основных задач чекистов. Контрразведывательная работа возлагалась на заместителей командиров партизанских отрядов по разведке и контрразведке, а также на оперативных уполномоченных особых отделов.

Контрразведывательные мероприятия повышали боеспособность партизанских формирований, оказывали воздействие на личный состав, кроме того, в ходе допросов вражеской агентуры добывалась развединформация.

Вместе с тем, в работе контрразведки (помимо нехватки специалистов) были определенные проблемы и недоработки. Порой имели место факты обвинения в шпионской или диверсионной деятельности и расстрела людей без достаточной доказательной базы. Не всегда оценка деятельности коллаборационистов была объективной, следствие в отдельных случаях проводилось недостаточно тщательно и всесторонне, обвинения в шпионаже или измене Родине строились на основе субъективного мнения нескольких свидетелей, не подтверждались, порой, ни одним фактом.

Вместе с тем, такие эпизоды скорее исключение и, вероятно, объяснимы условиями военного времени, когда ценность человеческой жизни становится крайне низкой, а ошибка в оценке информации порой обходится очень дорого. Представляется, что причина этого не в системных упущениях при организации контрразведки, а в ошибках конкретных людей, в их субъективности или непрофессионализме. Архивные материалы свидетельствуют о том, что в большинстве случаев проводилось тщательное расследование каждого такого происшествия, опрашивалось большое количество свидетелей, делались аргументированные выводы, а виновные сурово карались.

В период оккупации территории Белоруссии велась большая работа по организации и осуществлению диверсий на промышленных объектах, линиях связи, транспортных коммуникациях, а также по ликвидации представителей германской администрации с целью дезорганизации противника.

Диверсионная работа и ликвидация видных представителей и ставленников немецких оккупантов были боевыми операциями, целью которых являлось уничтожение противника.

Диверсии наносили противнику значительный материальный ущерб. Кроме того, срыв перевозок затруднял снабжение фронта вооружением, техникой, боеприпасами, людскими ресурсами. Необходимость охраны железнодорожного полотна, других важных объектов, восстановление железнодорожных путей и разрушенных строений после взрывов отвлекала захватчиков от иных направлений деятельности, вынуждала сосредотачивать усилия на попытках предотвращения диверсий, а также на ликвидации их последствий.