Но когда проекты реформы стали известны более подробно, многие военные (и бывшие военные) пришли в ужас. Фракция коммунистов в Думе обратилась к Медведеву, настаивая на отмене реформы, квалифицировала ее как «дорогостоящую и непродуманную». Лидер Движения в поддержку армии Виктор Илюхин заявил: «Мы убеждены: это окончательный этап уничтожения Вооруженных сил». Но после таких выступлений Генштаб выпустил директиву «О недопущении разглашения сведений о реформировании Вооруженных сил Российской Федерации». Пошла крутая ломка — без разглашения.

«Оптимизация управления» состояла в том, что часть военных округов объединялась и упразднялась, в России осталось всего четыре округа. В их состав вошло и командование военных флотов, Тихоокеанского — в Восточный, Черноморского — в Южный, Балтийского — в Западный. А вместо четырехзвенной системы управления войсками, военный округ — армия — дивизия — полк, вводилась трехзвенная: округ — армия — бригада. Штабы и управленческие структуры дивизий и полков упразднялись вообще. Значительным сокращениям подвергся центральный аппарат министерства обороны и Генштаба. В целом авторы реформ ставили задачу уменьшить количество генералов, старших офицеров, но количество младших офицеров и их вес в командных структурах должны были возрасти.

Увольнения и реорганизации приняли характер настоящей бури. Всего за год и три месяца численность генералов уменьшилась на 22 %, полковников на 80 %, подполковников на 60 %, майоров на 70 %, капитанов на 56 %. Возросло только количество лейтенантов (на 30 %) и старших лейтенантов (на 17 %). Институт прапорщиков и мичманов был ликвидирован. Сочли, что они не нужны. А в целом сухопутные войска оказались сокращенными на 90 %, ВВС и военно-морской флот — примерно наполовину, ракетные войска стратегического назначения — на треть, ВДВ — на 17 %.

Реформа военного образования подразумевала упразднить всю существующую развитую систему: 15 военных академий, 46 военных институтов и училищ, 4 военных университета — а вместо них создать 10 учебно-научных центров. Также упразднялись большинство военных госпиталей, санаториев, все военно-медицинские институты. Количество военных врачей сокращалось вчетверо. В общем, удар был такой, что в те времена ходил анекдот: «После прошлых реформ Вооруженных сил Россия смогла выиграть хотя бы войну с Грузией. Ну что ж, стало ясно: армию реформировали недостаточно, надо еще».

Позже, задним числом, появились версии, будто Путин использовал Сердюкова для «черной работы». С его помощью порушил «генеральские кланы», присидевшиеся на «теплых местах», используя солдат для строительства личных дач. Привыкшие к своему особому положению, много мнившие о себе, позволяя иметь собственное мнение по государственным вопросам, лезть в политику, влиять на нее. А вместо них, дескать, выдвигалось и формировалось новое, молодое поколения командиров — профессионалов, готовых четко и безоговорочно выполнить приказы правительства. Или другая версия, будто руками Сердюкова рушилось старое, отжившее свой век, чтобы на расчищенном месте строить новое. Так же, как Петр I разогнал в свое время полки стрельцов.