В книге Эцио убивает барона Валуа мечом.

Финальная схватка и убийство Чезаре несколько отличаются в книге от сценариев игры.

Прочие события

Действие романа начинается в 1503 году, в отличие от 1499 года в игре. Соответственно, все события, описанные в игре, занимают четыре года, в то время как в книге они разворачиваются в течение нескольких месяцев.

Эцио и Марио Аудиторе убегают из Ватикана на лошадях и не переплывают при этом Тибр, как показано в игре.

Очнувшись в Риме, Эцио решает посетить врача после того, как совершает «прыжок веры» с крыши церкви. В игре Эцио сразу же направляется к доктору.

Марио Аудиторе был сначала заколот мечом, потом застрелен и обезглавлен. Держа его голову на вытянутой руке, Чезаре угрожал ею Эцио со словами: «Следующей будет твоя!»

Во время осады Монтериджони Эцио был ранен генералом Валуа, а не аркебузиром, как в игре.

Леонардо присутствовал при осаде Монтериджони и находился рядом с Чезаре против своей воли.

В книге военные машины Леонардо были уничтожены учениками Эцио. Эти же ученики оберегали изобретателя от козней семейства Борджиа. В игре же Эцио лично уничтожил все машины, а насчет предоставления какой-либо охраны художнику там не сказано ни слова.

В книге упоминается, что, помимо военных машин, Леонардо изобрел что-то вроде колесницы смерти.

В книге события «противостояния» Ла Вольпе и Макиавелли описаны до убийства барона Валуа.

В книге задания воров и куртизанок выполняются рекрутами ассасинов.

Падение приспешников Борджиа в книге описано более детально.

В 1504 году хозяйкой борделя «Цветущая роза» ненадолго стала Роза, венецианская подруга Эцио и член местной гильдии воров. Как бы то ни было, после освобождения из заложников Клаудия вернулась к своим обязанностям.

Макиавелли присутствовал при том, как Эцио прятал Яблоко в хранилище под Колизеем. В игре Эцио выполнял эту миссию самостоятельно.

Ни одно из событий восстановленной последовательности «Исчезновение да Винчи» не упоминается в книге.

Охота за Чезаре после его заточения в тюрьму описана в книге более подробно. В игре это переход от одного воспоминания к другому, а в книге – несколько глав: бесплодный поиск информации, неполная помощь Яблока и пр. Соответственно, в книге добавляются локации и персонажи, относящиеся к этой части (такие, как мать Чезаре и его законная супруга).