Адмирал Оллендорф организовал погоню за ними 34-м оперативном соединением, в составе шести новейших линкоров, оставив фактически без прикрытия большую группу авианосцев и десантных кораблей. Выскочившая из пролива Сан-Бернадин, группа из четырех сверхлинкоров, трех крейсеров и трех авианосцев, обогнув остров Самар, поймала американцев «со спущенными штанами». Прикрытия у них не было. Соединение 7-го флота адмирала Кинкейда в заливе Лейте, под командованием адмирала Спрэгью, прекратило свое существование. Лишь на отходе группу Куриты слегка потрепала авиация противника, но они прорвались, и ушли в сторону Борнео. Занятые морским сражением американцы оставили без огневой поддержки высаженный десант, который японцы сбросили в море. 34-му соединению пришлось прекратить погоню за соединением адмирала Сима и возвращаться к острову Самар. В сражении в море Сибуян японцы не потеряли ни одного корабля, хотя многие имели серьезные повреждения. И хотя было понятно, что эта победа решающего значения для японцев уже не имела, Филиппины им не удержать, но крови прольется много. В распоряжении Японии оставались значительные, на первый взгляд, силы: 6 авианесущих боевых единиц разных классов, 7 линкоров, 19 крейсеров и 33 эсминца, всего 64 корабля. Командующего Филиппинской армией генерала Мак-Артура отправили в отставку с формулировкой «за полную военную неспособность», адмиралов Оллендорфа, Хелси и Кинкейда отстранили от командования. Однако Нимиц расширил свои полномочия и ликвидировал неуместное планирование операций в нескольких местах.

По приказу Кузнецова, Жуков проводил занятия и учения подводных сил Тихоокеанского флота, знакомил подводников ТОФа с тактикой и практикой эскадренных действий лодок, сопровождения конвоев и боевых оперативных групп. Провели два выхода в море для показательных учений. Моряки-североморцы на первом выходе буквально разгромили подводные силы ТОФа. Финансируемые по остаточному принципу корабли флота сильно отставали в техническом отношении от новейших лодок Северного флота. Обо всем этом Жуков написал в Москву наркому. За что и «поплатился»: назначили заместителем Юмашева, командующим подводными силами ТОФ. Приняв под начало 111 лодок, 75 из которых были устаревших конструкций, и попробовав разыграть вариант «завес», Жуков вывел из состава боевых большинство «малюток», часть старых «щук» поставил на переоборудование, благо что ремонтных и доковых мощностей было достаточно. Несмотря на удаленность, под руководством адмирала Юмашева, флот имел развитую береговую службу и довольно большое доковое хозяйство. Многие моряки прошли подготовку на базе Колд-бей на Аляске. Авиация флота имела новейшие «кинг кобры», много спасательных «каталин», достаточное количество патрульных самолетов «Либерейтор». Сил и средств для обороны Японского моря хватало, но к наступательным действиям, без участия сил Северного флота, флот, конечно, был не готов. Выручало обстоятельство, что океанский императорский флот находился в районе Филиппин, где разыгрывалась битва за последние источники нефти для Японии.