В те времена наука и магия были тесно переплетены. Доктор Ди был алхимиком и каббалистом, знатоком эзотерического и оккультного учений. В начале своей карьеры он был посажен в тюрьму королевой Марией за то, что составил для нее неблагоприятный гороскоп, а позже неосторожно предсказал коронацию королевы Елизаветы I. Он также предсказал смерть Марии Стюарт, королевы шотландцев, и вторжение испанской армады. Говорят также, что он наложил проклятие на испанскую армаду, и поэтому была плохая погода и англичане победили. Это упрочило его репутацию колдуна. Шекспир изобразил его в образе Просперо, а Марлоу — в образе Фауста.

Сегодня его признают одним из величайших мыслителей эпохи Ренессанса, но некоторые считают, что гений довел его до помешательства. Другие приписывают его падение связи с Эдвардом Келли (1555–1593/95/97?), законником, обвиненным в махинациях с земельными участками, мошенничестве и чеканке монет.

Ди и Келли познакомились примерно в 1579 году, и Келли убедил Ди, что может превращать свинец в золото и передавать сообщения от ангелов с помощью магического кристалла: согласно этому методу нужно вглядываться в кристаллический шар или в зеркальную поверхность обсидиана.

В 1583 году Келли и Ди создали «Книгу Еноха» на особом языке, который они назвали енохианским. Эту книгу якобы продиктовали Келли ангелы, а расшифровал ее Ди. Как утверждал Келли, в этом языке содержится подлинная истина Господня.

Однако в 1584 году Келли убедился, что глава секретной службы королевы Елизаветы, сэр Фрэнсис Уолсингем, установил за ними слежку, и они сбежали в Польшу, а затем — ко двору императора Рудольфа II.

За этим последовало еще несколько путешествий, но в 1589 году Ди и Келли расстались. Келли вернулся ко двору Рудольфа II, где ему покровительствовали, поскольку он обещал открыть тайны философского камня. Это было конечной целью алхимии. Философский камень позволял превращать простые металлы в золото, а также служил ключом к бессмертию. В Праге Келли лишили свободы — вероятно, за то, что ему не удалось получить ни золота, ни бессмертия. Точные обстоятельства его смерти неизвестны, и называют разные годы: 1593, 1595 или 1597. Однако большинство источников сходятся в том, что он умер при попытке к бегству из тюрьмы, использовав скрученные простыни.

Между тем доктор Ди вернулся в Англию: королева Елизавета I выдала ему разрешение на право заниматься алхимией, но он не владел никакой официальной должностью, пока она не назначила его настоятелем коллегиальной церкви в Манчестере (теперь это собор). Это было весьма непопулярным назначением. В то время усиливался страх перед колдовством и оккультизмом, а Манчестер раздирала религиозная борьба. На одном берегу реки селились радикальные пуритане из Сэлфордской Сотни, тогда как, несмотря на преследования, влиятельные католические семьи все еще оставались в Ланкашире. В сельских областях, за городом, все больше занимались колдовством. В это время члены церковной коллегии пытались установить и поддерживать правление англиканской церкви. У этой церкви были другие молитвы, облачения священников и службы, введенные незадолго до этого. Репутация доктора Ди опережала его — его подозревали в некромантии — вызове духов умерших, спиритизме и колдовстве. Считалось, что он в сговоре с Дьяволом.