Фридрих, конечно, не обратил внимания на это запрещение, напротив, самым ревностным образом снаряжался в поход к Святым местам, так как только исполнением своего обета он мог надеяться вполне сбросить с себя все позорные упреки, которые сделал ему папа в своем окружном послании. Он наложил высокую крестоносную подать, собрал людей и корабли и в конце апреля 1228 г. в присутствии блестящего собрания вельмож своей империи и несчетной массы народа объявил свою «последнюю волю» перед отплытием в Сирию. Райнальд Сполетский должен был во время отсутствия Фридриха быть его наместником и, если бы он, император, умер в походе, то в Сицилии ему должен был наследовать его сын Генрих, а если этот умрет бездетным, то его второй сын Конрад, родившийся за несколько дней перед тем. Вскоре после этого Фридрих хотел начать крестовый поход. Но 8 мая умерла его жена Изабелла в родильной горячке, эта тяжелая потеря и беспокойство в Сицилии задержали его еще на некоторое время, наконец 28 июня он отплыл из Бриндизи в Сирию. Григорий IX кричал ему вслед, что он — служитель Магомета и отправляется в Иерусалим не как крестоносец, а как «пират».

Удивительное и печальное зрелище. Высший властитель христианского мира поднимает оружие, чтобы вновь завоевать Святой город, а глава христианской церкви запрещает ему поход и предает его проклятию. На императора падает меньшая вина в этом несчастном стечении обстоятельств. Столкновение между папством и империей было по существу обеих сил неизбежно, и император ошибся только в том, что он и теперь, как в 1225 году после договора в Сен-Джермано, слишком преувеличивал свои силы; в ту минуту, когда он приготовлял поход на Восток, ему следовало направить осторожнее свою европейскую политику к мирным целям и менее резко выступать против папы — своей необузданностью он навлек на себя ту опасность, что вынужден был вести одновременно две войны, в Сирии и в Италии. Несравненно тяжелее, чем вина императора, была вина папы. Нужно ли было Григорию начать нападение на Фридриха именно в ту минуту, когда император отступил перед ломбардцами, просил о мирном посредничестве церкви и когда только болезнь помешала ему честно выполнить крестоносный обет? Нужно ли было ему вообще воспользоваться делами крестового похода для своей борьбы с императором за власть и при этом даже пользоваться орудием клеветы? Действуя таким образом, он мог, конечно, без труда обратить самые горячие страсти того времени против Фридриха, который своими несколькими, хотя и вызванными необоснованностью, отсрочками похода подвергал себя дурной молве, но в конце концов такие злобные действия должны были повредить церкви не менее, чем империи, и в особенности интересы христианского Востока, которые были все-таки священны для предшественников Григория, теперь были беспощадно принесены в жертву теократическим вожделениям римской курии. Императору были связаны руки отлучением именно в то время, когда он отправлялся в бой на Восток, а всему христианскому миру, который большею частью стал уже равнодушен к делу Иерусалима, был представлен легкий вывод, что теперь надо окончательно отвернуться от дела, с которым курия ведет такую постыдную игру.