При таком положении вещей почва для дружественных переговоров была уже наполовину выровнена. Алькамил должен был бояться, что Фридрих войдет в союз с Анназиром Даудом, если он наконец не уступит Святого города христианам. Император также имел убедительную причину желать скорого соглашения, потому что в его распоряжении были только небольшие силы, и он не мог надолго откладывать своего возвращения в Италию. Так как, хотя за последние годы в Сирию пришли весьма значительные толпы пилигримов, однако при замедлениях, которые испытал поход самого Фридриха, большая часть их снова отправилась обратно. Часть их, оставшаяся на Востоке, и рыцарство Кипра и Иерусалима, вместе с небольшим войском, которое император только что привел с собой, все это вместе составляло еще большую толпу, но только слабое оружие для борьбы с мусульманами, потому что войско это было расстроено всякими раздорами. Многие киприоты и иерусалимцы были недовольны императором за ту суровость, с которой он отнесся к королю Иоанну и Ибелину. Другие боялись двинуться на войну под управлением отлученного от церкви полководца, а тамплиеры вместе с госпиталитами вскоре совсем отказались повиноваться. К тому же раздор между Фридрихом и курией принимал все более и более угрожающие формы. Григорий через двух францисканских монахов, которых он послал вслед императору в Сирии, запретил всем тамошним христианам повиноваться приказаниям отлученного, а кроме того вооружал войска для нападения на сицилийское государство Фридриха.

Поэтому император ни на минуту не сомневался о том, как ему действовать. Он велел вторично передать подарки султану Алькамилу, который находился в южной Сирии, и предложил ему, чтобы Иерусалим был передан теперь христианам. Алькамил отвечал уверениями в дружбе и посылкой ценных даров, но осторожно уклонялся от всякого разговора об уступке Святого города. Вероятно, во время возраставшего раздора между императором и папой он считал крестоносцев уже не особенно опасными для себя, между тем в лице своего племянника Анназира Дауда он видел более слабого противника, чем прежде в своем брате Альмуаззаме. Однако у Фридриха было еще достаточно силы для того, чтобы энергичной угрозой войны поддержать свое требование мирного соглашения. Он созвал все войска, которые были собраны на иерусалимском берегу, побудил даже тамплиеров и госпиталитов за собой следовать, отдавая свои приказания в крестоносном войске не от себя, а «во имя Бога и христианства», и двинулся из Аккона вниз по берегу в Иоппе. Оставаясь там зимой 1228–1229 г., он возобновил укрепления города и создал этим операционный базис для нападения на Иерусалим; в то же время он ревностно вел переговоры с Алькамилом, значительно умерил свои требования, которые, кажется, доходили вначале до уступки всего прежнего Иерусалимского королевства, и побудил, наконец, султана согласиться на это, чего он наиболее пламенно желал. 11 февраля 1229 г. между поверенными обоих государей был заключен договор. 18 февраля он был подтвержден клятвою Фридриха, а через несколько дней потом клятвою Алькамила.