Царица и патриарх вывели на крыльцо Ивана. Крикуны утихли. К ним спустились бояре, стали уговаривать разойтись. Может быть, уговоры и подействовали бы, но Михаил Долгорукий все испортил. Он накинулся на стрельцов с бранью, стал размахивать плетью и этим только разозлил их. Князя схватили, швырнули на подставленные копья, изрубили на куски. Теперь, когда пролилась кровь, обратной дороги не было.
Стрельцы бросились вверх по ступеням. Матвеева, который пытался их остановить, тоже «изрубили в мелочь». Разбежались по коридорам и покоям в поисках «изменников». Список таковых был приготовлен заговорщиками заранее, и стрельцы знали, кого ищут: Нарышкиных, Языкова, воеводу Григория Ромодановского (за строгости военного времени) и еще нескольких своих недругов. Очевидец событий пишет: «А в царских хоромах по всем ходили невежливо с ружьем и искали бояр казнить». Под горячую руку, обознавшись, убили вместо Афанасия Нарышкина похожего на него стольника Салтыкова. Разобрались – пошли извиняться перед отцом. Тот ответил: «Божья воля» – и правильно сделал. Потому что когда стрельцы пришли к старому Долгорукому извиняться за убийство сына Михаила, начальник Стрелецкого приказа сказал вслед уходящим что-то злое. Бунтовщики вернулись, зарубили старика и швырнули труп в навозную кучу.
Царская резиденция оказалась в полной власти восставших. Они никуда не торопились, зная, что управу на них сыскать негде.
Придворный карлик по кличке Хомяк указал, где прячется Афанасий Нарышкин. Выволокли, убили. Убили и Григория Ромодановского, первого полководца державы. Разыскали и умертвили Ивана Языкова, начальника Посольского приказа дьяка Лариона Иванова, начальника Приказа большой казны Аверкия Кириллова и многих других.
Беспорядки продолжились и в последующие дни.
16 мая стрельцы снова приходили с барабанным боем, требовали выдать старого Нарышкина и его сына Ивана, угрожая в случае отказа истребить всех бояр. Царица Наталья боялась, но отца с братом не выдала – спрятала в чулане.
То же повторилось на следующий день. Стрельцы пришли и не уходили. Они начинали уже сами пугаться того, что натворили: в столице анархия и безвластие, государство парализовано, кому-то придется за это отвечать. Нарышкины были нужны, чтобы повинились в злодейских умыслах, и тогда мятеж можно представить как заботу о царской безопасности.
Смерть Артамона Матвеева.
Снова на передний план вышла Софья, которая в дни убийств никаких публичных действий не предпринимала. Теперь она сказала царице: выдай им хоть брата, иначе мы все погибнем. Возможно, Софья тоже рассчитывала на признания Ивана, которые позволили бы расправиться со всем нарышкинским родом.