Толстой оросил Победоносцева передать Александру III письмо, в. котором умолял молодого монарха не карать смертной казнью цареубийц. По долгу службы обер-прокурор св. Синода прежде ознакомился с содержанием адресованного государю послания. Как ни корил Лев Николаевич террористов, как ни взывал адресата последовать Христову милосердию, но не могли не вызвать резкого протеста его слова о том, что убили Александра II «не личные враги его, но враги существующего порядка вещей; убили во имя какого-то высшего блага всего человечества». По мнению Толстого получалось, что вина убийц состоит только в том, что они неправильно понимали «благо всего человечества», а пойми они это самое «благо» правильно, то и кровавое злодеяние подлежало бы нравственной амнистии.

Толстой, оставляя за собой монопольное право на истинное толкование учения Христа, по сути дела, отвергал и существующую российскую государственность, и православную церковь, когда называл убийц царя «врагами существующего порядка вещей», будто бы боровшихся «за высшее благо всего человечества». В страстном желании обрести веру он был обречен никогда ее не обрести, ибо искал аудиенции у самого Бога, приуготавливая себя к ней личным опрощением, забыв, что путь к Богу лежит через соборность, приобщиться к которой невозможно, минуя врата общего храма.

Победоносцев не стал прибегать ни к каким бюрократическим хитростям, он отклонил прошение Толстого и прямо написал ему: «Прочитав письмо Ваше, я увидел, что Ваша вера одна, а моя церковная другая, и что наш Христос — не Ваш Христос. Своего я знаю мужем силы и истины, исцеляющим расслабленных, а в Вашем показались мне черты расслабленного, который сам требует исцеления. Вот почему я по своей вере не мог исполнить Ваше поручение».

Позже Победоносцев в статье «Церковь» будет писать: «Кто русский человек — душой и обычаем, тот понимает, что значит храм Божий, что значит церковь для русского человека. Мало самому быть благочестивым, чувствовать и уважать потребность религиозного чувства; — мало для того, чтобы уразуметь смысл церкви для русского народа и полюбить эту церковь как свою, родную. Надо жить народною жизнью, надо молиться заодно с народом, в одном церковном собрании, чувствовать одно с народом биение сердца, проникнутого единым торжеством, единым словом в пением. Оттого многие, знающие церковь только по домашним храмам, где собирается избранная и наряженная публика, не имеют истинного понимания своей церкви и настоящего вкуса церковного, и смотрят иногда равнодушно или превратно в церковном обычае и служении на то, что для народа особенно дорого и что в его понятии составляет красоту церковную».