17 сентября Следственная комиссия рассмотрела составленную из настоящего дела записку и обвинительные статьи. Представлением военному министру этих материалов, а также списка из 28 лиц, обвиняемых по данному делу, и списка тех, на чье освобождение без судебного приговора испрашивалось высочайшее соизволение, — Следственная комиссия закончила свою работу.

Главный вывод Следственной комиссии заключался в том, что «все сии собрания, отличавшиеся вообще духом, противным правительству, и стремлением к изменению существующего порядка вещей, не обнаруживают, однако ж, ни единства действий, ни взаимного согласия, к разряду тайных организованных обществ они тоже не принадлежали, и чтоб имели какие-либо сношения внутри России, не доказывается никакими положительными данными».

Ознакомившись с материалом следствия, Николай I повелел подвергнуть обвиняемых необычному суду: дело петрашевцев слушалось в смешанной Военно-судной комиссии, учрежденной 25 сентября 1849 г. Ее председателем был член Государственного совета генерал-адъютант граф В. А. Перовский (брат министра внутренних дел), членами состояли: генерал-адъютант А. Г. Строганов, член Государственного совета, генерал-адъютант H. H. Анненков 2-й, генерал-адъютант А. П. Толстой, сенаторы, тайные советники князь И. А. Лобанов-Ростовский, А. Р. Веймарн, Ф. А. Дурасов.

Военно-судная комиссия начала свою работу 30 сентября. Вскоре она поручила делопроизводителю составить краткие выписки о степени виновности каждого обвиняемого, так как следственное дело занимало более 9 тысяч листов, и прочитать их сплошь Комиссия не имела ни возможности, ни желания. С 18 октября Комиссия приступила к опросу подсудимых, чтобы заслушать их возможные оправдания. Каждый подсудимый оставил в Комиссии подписку о даче этих последних показаний.

Не производя дополнительного расследования, Военно-судная комиссия согласилась в своем заключении с мнением Следственной комиссии о том, что существование тайного общества не обнаружено. Комиссия приговорила 15 человек (в том числе Достоевского) к расстрелу. После этого 13 ноября дело поступило в генерал-аудиториат. 19 ноября 1849 г. заключением генерал-аудиториата всем обвиняемым смертная казнь была заменена различными сроками каторжных работ. Последние коррективы в приговор внес при его утверждении Николай I. В частности, предложенный генерал-аудиториатом восьмилетний срок каторги Достоевскому и Дурову он заменил четырехлетним с последующей военной службой рядовыми, что возвращало им обоим, по замечанию Достоевского, гражданские права, которые по закону навсегда терял всякий приговоренный в каторгу.[219] Как известно, окончательный приговор был объявлен петрашевцам 22 декабря 1849 г. на Семеновском плацу, когда первая тройка была уже выведена для расстрела.[220]